|许可证|

siibra神经影像工具箱

版权所有 2020-2021，于利希研究中心有限公司

作者：大数据分析组，神经科学和医学研究所（INM-1），于利希研究中心有限公司

此存储库提供了一套工具箱，用于siibra <https://siibra-python.readthedocs.io>，该工具箱提供将（通常为阈值化的）全脑激活图分配到脑区的功能，这些激活图是从功能性神经影像学获得的。给定一个NIfTI格式的输入体积，工具箱将输入信号分离成连接组件，然后分析每个组件与在大脑图谱中定义的区域的重叠和相关性。默认情况下，使用于利希-大脑概率细胞构筑图谱[AmuntsEtAl2020]_，该图谱在MNI152空间中定义，并且假设输入体积在相同的物理空间中。该功能强烈受到流行的SPM解剖工具箱 <https://github.com/inm7/jubrain-anatomy-toolbox>__ [EickhoffEtAl2005]_的类似功能的启发。

在当前实现中，工具箱提供Python库以及siibra-cli <https://github.com/FZJ-INM1-BDA/siibra-cli>__命令行客户端的扩展。我们在pypi上发布安装包，因此您通常只需运行pip install siibra-toolbox-neuroimaging来安装Python包和命令行扩展。

注意，siibra-toolbox-neuroimaging仍处于早期开发阶段。请与我们联系进行讨论，并请在这里的github上自由发布问题。

典型的工作流程如下：

从siibra_toolbox_neuroimaging导入AnatomicalAssignment

my_input_file = ".nii.gz"

analysis = AnatomicalAssignment()

assignments, component_mask = analysis.analyze(my_input_file)

analysis.create_report(assignments, my_input_file, component_mask)

主要结果是一个表格，列出每个检测到的组件显著重叠的大脑区域及其属性，以pandas DataFrame的形式返回（如上例中的assignments）。基于此，库可以生成一个格式良好的PDF报告，并为区域添加结构连接性配置文件。也可以通过简单的命令行接口调用siibra assign nifti <filename>.nii.gz生成相同的报告。未来版本将为siibra-explorer <https://github.com/FZJ-INM1-BDA/siibra-explorer>提供交互式插件，该插件是托管在https://atlases.ebrains.eu/viewer/go/human的交互式网络浏览器。

此存储库包含一个示例笔记本，您可以通过点击以下链接在浏览器中使用mybinder <https://mybinder.org>__ 运行：

.. image:: https://mybinder.org/badge_logo.svg :target: https://mybinder.org/v2/gh/FZJ-INM1-BDA/siibra-toolbox-neuroimaging/HEAD?labpath=example.ipynb

该工具箱依赖于siibra-python的功能，可在https://siibra-python.readthedocs.io上找到。它包括一个代码示例目录，这些示例详细说明了不同的概念和功能。作为新用户，建议您通过这些示例进行学习——它们简单易懂，并能快速为您提供正确的代码片段以供开始。

参考文献

.. [EickhoffEtAl2005] Eickhoff S, Stephan KE, Mohlberg H, Grefkes C, Fink GR, Amunts K, Zilles K: A new SPM toolbox for combining probabilistic cytoarchitectonic maps and functional imaging data. NeuroImage 25(4), 1325-1335, 2005 .. [AmuntsEtAl2020] Amunts K, Mohlberg H, Bludau S, Zilles K.: Julich-Brain: A 3D probabilistic atlas of the human brain’s cytoarchitecture. Science. 2020;369(6506):988-992. doi:10.1126/science.abb4588