siibra-cli 0.1

siibra - 与脑图谱交互的软件接口

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作者：大数据分析组，神经科学和医学研究所（INM-1），于尔利希研究中心有限公司

siibra是一个Python客户端，用于与集成多个脑区划和参考空间的脑图谱框架工作，并将它们与多模态区域数据特征连接起来。它的目的是促进将来自不同来源的脑区特征程序化和可重复地纳入可重复神经科学工作流程。

此存储库实现了siibra的基本命令行界面（CLI）。

注意： ``siibra-cli``仍在开发中。尽管已经尽力确保其可靠性，但其API尚不稳定，您在使用时可能仍然会遇到错误。

siibra为不同脑参考空间中的区划方案提供结构化访问，包括宏观和微观分辨率的体积参考模板以及表面表示。它支持离散标签和连续（概率）区划图，可用于将脑区分配给空间位置和图像信号，从多个在线存储库检索特定区域的神经科学数据集，以及从高分辨率图像数据中采样信息。与脑区相关的数据集中包括来自活体和尸检研究的不同模态，包括关于细胞和神经递质受体密度的区域信息、结构和功能连接、基因表达等。

siibra 主要由 人类脑计划 开发，用于访问 EBRAINS 人类脑图谱。它的大部分内容存储在 EBRAINS 知识图谱 中，并设计用于支持 OpenMINDS 元数据标准。其功能包括从 EBRAINS 上托管 的交互式查看器 siibra 探索器 所知的一些常见操作。实际上，该查看器是探索 siibra 核心功能的良好资源：选择不同的分区、浏览和搜索脑区层次结构、下载地图、识别脑区以及访问与脑区相关的多模态特征和连接信息。在 siibra 中，特征查询由数据模式和解剖位置参数化，而后者可以是脑区、脑分区或参考空间中的位置。除了 siibra-explorer 的功能外，Python 库还支持一系列适合典型神经科学工作流程的数据分析功能。

siibra 隐藏了收集和交互单个分区、模板和数据存储库所需的大部分复杂性。通过封装与不同地图和参考模板空间交互的许多方面，它还最大限度地减少了诸如从不同参考空间中误解坐标、混淆脑区标签索引或使用分区地图不一致版本等常见错误。它的目标是提供一个使用跨多个空间尺度定义的地图进行可重复分析的安全方法。