siibra - 与大脑图谱交互的软件接口
项目描述
siibra - 与大脑图谱交互的软件接口
版权所有 2020-2023，弗劳恩霍夫联合会尤利希研究所有限公司
作者：大数据分析组，神经科学与医学研究所（INM-1），弗劳恩霍夫联合会尤利希研究所有限公司
siibra 是一个Python客户端，用于与大脑图谱框架交互，该框架集成不同空间尺度的大脑分区和参考空间，并将它们与广泛的多模式区域数据特征连接起来。它的目标是促进将来自不同来源的大脑分区和大脑区域特征程序化和可重复地纳入神经科学工作流程。
注意： siibra-python 仍在开发中。虽然已经尽力确保其可靠性，但其API尚不稳定，您在使用时可能会遇到错误。
siibra提供了对不同大脑参考空间中分区方案的有序访问，包括宏观和微观分辨率下的体积参考模板以及表面表示。它支持离散标签和统计（概率）分区图，可用于将大脑区域分配到空间位置和图像信号，从多个在线存储库检索特定区域的神经科学数据集，以及从高分辨率图像数据中采样信息。锚定于大脑区域的数据集涉及分子、细胞和结构特征，以及连通性，并通过对外部存储库的实时查询以及从“大”图像体积（如20微米BigBrain模型）的动态提取进行补充。
siibra是在人类大脑项目框架下开发的，用于访问EBRAINS人类大脑图谱。它将大部分内容存储为可持续和开源数据集在EBRAINS知识图谱中，并设计用于支持OpenMINDS元数据标准。它的功能包括来自互动查看器siibra-explorer（由EBRAINS托管hosted at EBRAINS）所知的常见操作。实际上，查看器是探索siibra核心功能的良好资源：选择不同的分区、浏览和搜索大脑区域层次结构、下载地图、识别大脑区域以及访问与大脑区域相关的多模态特征和连通性信息。siibra中的特征查询由数据模态和解剖位置参数化，而后者可以是大脑区域、大脑分区或参考空间中的位置。在siibra-explorer的探索性关注点之外，Python库支持一系列适合典型神经科学工作流程的数据分析功能。
siibra隐藏了收集和交互单个分区、模板和数据存储库所需的大部分复杂性。通过封装与不同地图和参考模板空间交互的许多方面，它还最大限度地减少了常见的错误，如对不同参考空间坐标的误解释、大脑区域标签索引的混淆或使用不一致的分区图版本。它旨在提供一个安全的方式，用于跨多个空间尺度使用定义的地图，以进行可重复分析。
安装
siibra可在pypi上获取。要安装最新发布的版本，只需运行pip install siibra。为了使用来自github的最新版本，请使用pip install git+https://github.com/FZJ-INM1-BDA/siibra-python.git@main。
还有一个基于jupyter:scipy-notebook的图像，它已经包含了siibra。
docker run -dit \
-p 10000:8888 \
--rm \
--name siibra \
docker-registry.ebrains.eu/siibra/siibra-python:latest文档与帮助
siibra-python的文档托管在https://siibra-python.readthedocs.io。该文档包括一系列文档化的代码示例目录，引导您了解不同的概念和功能。作为新用户，建议您通过这些示例 - 这些示例简单易行，将快速为您提供正确的代码片段，以帮助您开始。此外，一组在siibra-tutorials存储库中维护的jupyter笔记本演示了更广泛的示例用例。我们正在制作库的完整API文档。您可以在readthedocs上找到当前状态，但请注意，它尚未完成，并且不如代码示例那样最新。
如果在运行过程中遇到问题，请在EBRAINS支持处提交工单或在github上提交错误报告和功能请求。请注意，siibra-python仍在开发中。尽管已尽最大努力确保一切都能可靠运行，但该库的API尚不稳定，且软件尚未进行全面测试。
如何贡献
如果您想为siibra做出贡献，请随意将其分叉并提交包含您更改的pull request。您还欢迎在问题跟踪器中进行讨论，当然，也可以报告您遇到的问题。如果您觉得这个软件很有用，请在出版物和衍生作品中引用此仓库URL。您还可以star该项目，向我们展示您正在使用它。
致谢
该软件代码由欧盟“地平线2020”研究与创新框架计划资助，具体协议编号为945539（人脑项目SGA3）。
如何引用
请根据引用文件引用所使用的版本，或由Timo Dickscheid, Xiayun Gui, Ahmet Nihat Simsek, Vadim Marcenko, Louisa Köhnen, Sebastian Bludau, & Katrin Amunts. (2023). siibra-python - 与脑图谱交互的软件接口. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7885728引用所有版本。
下载文件
下载您平台对应的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关 安装包 的更多信息。
源代码分布
构建版本
siibra-1.0a14.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | f3cd43c8ae7fa2799486f7903d998a74aeae80372ec3f1e6ac34b0d9e9915909 |
|
| MD5 | cf07b2f9bfe7fb160b8872b49e636d4b |
|
| BLAKE2b-256 | 2cf3eee28ab06608a8de6053677790b4759c98fd3fb0a30107b8f27e5301c8c6 |
siibra-1.0a14-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | e1f8b5291ccdbd364d094ca21cf8b578d3dd78f9090d14b8d95890d8ed809409 |
|
| MD5 | 4942d04fae55897992ec1b38f1281364 |
|
| BLAKE2b-256 | 1c450efed73e4bd903f22e16526f7bb08c9cf087c5409ab55439385fd24d32d5 |