sheet2linkml

一个Python包，用于将目前存储在Google Sheet中的CRDC-H数据模型进行转换。该包内置的命令行实用程序可以用于生成CRDC-H数据模型的LinkML表示。

安装要求和先决条件

• Python 3.7或更高版本
• pyenv
  • 如果您没有Python 3.9以上的版本，建议使用pyenv以轻松使用和切换多个Python版本。
  • 如果您在macOS上遇到pyenv的问题，可以考虑使用miniconda。
• poetry
  • 针对 macOS/Linux/bash on Windows 和 Windows PowerShell，提供了一次性安装命令。

如果您正在使用Windows机器，典型的bash程序不会像在Linux/MacOS终端中那样在 cmd 中工作。为了避免这种情况，建议您使用以下Bash on Windows策略之一

• WSL
• Cygwin
• Git Bash

以便您能够轻松执行这些文档中稍后描述的命令行实用程序。

安装

在您安装包的环境中创建并激活Python 3.9+虚拟环境

python3 -m venv .venv
source .venv/bin/activate
python -m pip install sheet2linkml

授权

sheet2linkml使用pygsheets库来访问Google Drive中的表格。要授权它访问您的Google Sheets，您需要创建并下载Google Drive客户端凭据。首先，启用Google Drive API。API启用后，从Google API控制台 创建并下载客户端凭据。将文件保存为google_api_credentials.json到项目的根目录。有关详细信息，请参阅pygsheets文档中的详细说明和截图。

命令行客户端使用

确定您想要转换为LinkML的Google表格。请注意，sheet2linkml目前不是通用的Google Sheets到LinkML转换器。它只能与以特定格式编写的Google Sheets一起使用，目前该格式尚未定义。

联系您的CCDH同事以获取正确的表格ID，并将其在.env文件或shell中声明，如下所示

export CDM_GOOGLE_SHEET_ID=1oWS7cao-fgz2MKWtyr8h2dEL9unX__0bJrWKv6mQmM4

如上授权部分中所述，此存储库根目录也需要一个google_api_credentials.json文件。

用户负责定义

• ~/path/to/crdch_model.yaml
• ~/path/to/logging.ini
  • ./logging.ini对于许多用户可能就足够了

然后执行转换

sheet2linkml --output ~/path/to/crdch_model.yaml --logging-config ~/path/to/logging.ini