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Sequali是一个QC工具,可以生成针对短读和长读数据的实用图表。

项目描述

Sequali

FASTQ和uBAM文件的序列质量指标。

功能

  • MultiQC支持从MultiQC版本1.22开始。

  • 内存占用低,安装尺寸小,执行速度快。

  • 信息图表,可快速判断序列质量。

  • 使用21 bp序列片段进行过度表示分析。过度表示的序列将与NCBI univec数据库进行比对。

  • 使用指纹子采样技术估计重复率,该技术也用于文件系统重复率估计

  • 检查单次读取数据的6个Illumina适配器序列和17个纳米孔适配器序列。

  • 通过重叠分析确定配对读取数据的适配器。

  • 配对读取数据的插入尺寸指标。

  • Illumina读取的每块质量图。

  • 纳米孔读取的通道和其他图表。

  • 支持FASTQ和未对齐的BAM。见“支持格式”。

示例报告

  • GM24385_1.fastq.gz;HG002(基因组在瓶中)在超长Nanopore测序中。序列文件下载

  • GM24385_1_cut.fastq.gz;使用cutadapt处理GM24385_1.fastq.gzcutadapt -o GM24385_1_cut.fastq.gz --cut -64 --cut 64 --minimum-length 500 -Z --max-aer 0.1 GM24385_1.fastq.gz。结果文件两端各裁剪了64个碱基,然后过滤出最小长度为500且最大平均错误率为0.1的序列。

  • 21C125_R1.fastq.gz;Illumina NovaSeq X配对末端测序Campylobacter jejuni。ENA登录号:ERR11204024

更多信息请查看文档

支持的格式

  • FASTQ。仅支持Sanger变体,phred偏移量为33,错误率计算为10^(-phred/10)。所有测序仪今天都使用此格式。

    • 支持配对末端测序数据。

    • 对于由Illumina基线调用器生成的序列,将提供包含每块质量图的附加图。

    • 对于由guppy生成的序列,将提供包含纳米孔特定数据的附加图。

  • 未对齐的BAM。当前忽略任何对齐标志。

    • 对于dorado提供的uBAM数据,将提供额外的纳米孔图。

安装

可以使用pip进行安装:

pip install sequali

Sequali也通过bioconda分发。可以使用以下命令安装:

conda install -c conda-forge -c bioconda sequali

快速入门

sequali path/to/my.fastq.gz

这将创建当前工作目录中的报告my.fastq.gz.html和json文件my.fastq.gz.json

有关所有命令行选项,请参阅使用文档

有关模块选项的更多详细信息,请参阅模块选项文档

致谢

  • FastQC对其相关指标的优秀选择。因此,这些指标也由Sequali收集。

  • matplotlib团队对色彩图的工作。他们的工作为如何呈现数据提供了灵感,并使用RdBu色彩图来表示质量分数数据。请查看他们的关于色彩图的写作以获得良好的介绍。

  • Wouter de Coster对他的关于如何正确平均phred分数的优秀帖子

  • Marcel Martin为他提供的非常详细的反馈。

许可证

本项目根据GNU Affero通用公共许可证v3授权。主要是为了避免商业实体在没有通知用户他们可以自行运行的情况下使用它。如果您想在开源项目中包含Sequali的代码,但与AGPL不兼容,请与我联系,我们可以讨论单独的许可证。

项目详情


下载文件

下载适合您平台的文件。如果您不确定该选择哪一个,请了解有关安装软件包的更多信息。

源分发

sequali-0.11.1.tar.gz (3.0 MB 查看哈希值)

上传时间

构建分发

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上传时间 CPython 3.13 musllinux: musl 1.2+ x86-64

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上传时间 CPython 3.13 musllinux: musl 1.2+ ARM64

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上传时间 CPython 3.13 manylinux: glibc 2.17+ x86-64

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上传时间 CPython 3.13 manylinux: glibc 2.17+ ARM64

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上传时间 CPython 3.12 Windows x86-64

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上传时间 CPython 3.12 musllinux: musl 1.2+ x86-64

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