seek-localize 0.2.0

文档

文档可以在以下链接找到

• 稳定版本：https://seek_localize.readthedocs.io/en/stable/index.html

• 最新（开发）版本：https://seek_localize.readthedocs.io/en/latest/index.html

要查看seek文档，请访问http://neuroseek.azurewebsites.net/docs/seek/

设置和安装

有关完整说明，请参阅安装指南。可以使用github和pipenv进行快速设置。已在Python版本3.7、3.8和3.9上进行了测试。

# clone repository locally
$ git clone https://github.com/adam2392/seek_localize
$ python3.8 -m venv .venv
$ pipenv install

通过pip

$ pip install seek_localize

快速使用

以下是一个基本用例的快速查看，其中我们想要根据FreeSurfer标记每个电极所在的解剖区域。

from seek_localize import label_elecs_anat
from mne_bids import BIDSPath

# define file path to the T1w image that electrode coordinates are localized in
img_fname = ...

# define a path to the electrodes.tsv file in iEEG-BIDS
bids_path = BIDSPath(..., suffix='electrodes', extension='.tsv')

# define filepath to the FreeSurferColor Look up Table
# (it is stored locally)
fs_lut_fpath = seek_localize.fs_lut_fpath

label_elecs_anat(bids_path, img_fname, fs_lut_fpath)

数据组织

我们使用BIDS。有关更多信息，请参阅https://github.com/bids-standard/bids-starter-kit/wiki/The-BIDS-folder-hierarchy。我们推荐以下BIDS结构，包含最少必要的文件集。

{bids_root}/
     /sub-001/
         /anat/
             - sub-001_*_T1w.nii
         /ct/
             - sub-001_*_CT.nii
         /ieeg/
             - sub-001_*_channels.tsv
             - sub-001_*_electrodes.tsv
             - *