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读取Becker & Hickl SDT文件

项目描述

Sdtfile是一个Python库,用于读取Becker & Hickl SPCM软件生成的SDT文件。SDT文件包含时间相关单光子计数仪器的参数和测量数据。目前仅支持“设置和数据”、“DLL数据”和“FCS数据”格式。

Becker & Hickl GmbH是光子计数设备的制造商。

作者

Christoph Gohlke

许可证

BSD 3-Clause

版本

2024.5.24

DOI

10.5281/zenodo.10125608

快速入门

Python包索引安装sdtfile包及其所有依赖项

python -m pip install -U sdtfile

请参阅示例了解如何使用编程接口。

源代码和支持可在GitHub上找到。

需求

此修订版已测试以下需求和依赖项(其他版本可能也适用)

修订

2024.5.24

  • 修复GitHub上docstring示例未正确渲染的问题。

2024.4.24

  • 支持NumPy 2。

2023.9.28

  • 更新structs到SPCM v.9.66(破坏性)。

  • 缩短MEASURE_INFO结构到meas_desc_block_length。

2023.8.30

有关旧版本修订,请参阅CHANGES文件。

参考文献

  1. W Becker. The bh TCSPC Handbook. 9th Edition. Becker & Hickl GmbH 2021. pp 879.

  2. SPC_data_file_structure.h 头文件。Becker & Hickl SPCM 软件安装的一部分。

示例

从“SPC 设置和数据文件”中读取图像和元数据

>>> sdt = SdtFile('image.sdt')
>>> int(sdt.header.revision)
588
>>> sdt.info.id[1:-1]
'SPC Setup & Data File'
>>> int(sdt.measure_info[0].scan_x[0])
128
>>> len(sdt.data)
1
>>> sdt.data[0].shape
(128, 128, 256)
>>> sdt.times[0].shape
(256,)

从具有多个数据集的“SPC 设置和数据文件”中读取数据和元数据

>>> sdt = SdtFile('fluorescein.sdt')
>>> len(sdt.data)
4
>>> sdt.data[3].shape
(1, 1024)
>>> sdt.times[3].shape
(1024,)

将“SPC FCS 数据文件”中的图像数据作为 numpy 数组读取

>>> sdt = SdtFile('fcs.sdt')
>>> sdt.info.id[1:-1]
'SPC FCS Data File'
>>> len(sdt.data)
1
>>> sdt.data[0].shape
(512, 512, 256)
>>> sdt.times[0].shape
(256,)

项目详情


下载文件

下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源分布

sdtfile-2024.5.24.tar.gz (14.5 kB 查看哈希值)

上传时间

构建分布

sdtfile-2024.5.24-py3-none-any.whl (16.1 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

由以下机构支持