scriptcwl 0.8.1

scriptcwl是一个用于创建通用工作流程语言（CWL）工作流程的Python包。如果您给它提供一系列CWLCommandLineTools，您可以通过编写Python脚本来创建工作流程。这可以通过使用Jupyter Notebooks进行交互式完成。完整文档可以在Read the Docs上找到。

给定用于add和multiply的CWL CommandLineTools（这些在scriptcwl中可用），可以写出此工作流程的CWL规范

from scriptcwl import WorkflowGenerator

with WorkflowGenerator() as wf:
  wf.load(steps_dir='/path_to_scriptcwl/scriptcwl/examples/')

  num1 = wf.add_input(num1='int')
  num2 = wf.add_input(num2='int')

  answer1 = wf.add(x=num1, y=num2)
  answer2 = wf.multiply(x=answer1, y=num2)

  wf.add_outputs(final_answer=answer2)

  wf.save('add_multiply_example_workflow.cwl')

工作流程有两个整数作为输入（num1 和 num2），首先将这些数字相加（wf.add(x=num1, y=num2)），然后将结果与第二个输入（num2）相乘。该处理步骤的结果是工作流程的输出。最后，将工作流程保存到文件中。结果如下所示

#!/usr/bin/env cwl-runner
cwlVersion: v1.0
class: Workflow
inputs:
  num1: int
  num2: int
outputs:
  final_answer:
    type: int
    outputSource: multiply/answer
steps:
  add:
    run: add.cwl
    in:
      y: num2
      x: num1
    out:
    - answer
  multiply:
    run: multiply.cwl
    in:
      y: num2
      x: add/answer
    out:
    - answer

示例中使用的 Python 和 CWL 文件可以在 示例文件夹 中找到。

pip install scriptcwl

git clone git@github.com:NLeSC/scriptcwl.git
cd scriptcwl
python setup.py develop

python setup.py test