Python库，用于分析单细胞适应性免疫受体库（AIRR）
项目描述
Scirpy: Python中的单细胞免疫受体分析
Scirpy是一个用于分析从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中提取的T细胞受体（TCR）或B细胞受体（BCR）库的Python包。它与scanpy和mudata无缝集成，并提供各种模块用于数据导入、分析和可视化。
Scirpy是scverse项目的一部分（网站，治理），并由NumFOCUS资助。请考虑为该项目做出可抵扣税款的捐赠，以帮助该项目支付开发时间、专业服务、差旅、研讨会以及各种其他需求。
开始使用
请参阅文档。特别是
安装
您需要在您的系统上安装 Python 3.10 或更高版本。如果您还没有安装 Python，我们推荐安装Mambaforge。
安装 scirpy 有几种替代方案
-
从PyPI安装最新版本的
scirpypip install scirpy
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从Bioconda获取
首先，按照此处描述设置 conda 通道。然后安装 scirpy
conda install scirpy
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安装最新开发版本
pip install git+https://github.com/scverse/scirpy.git@main
-
docker pull quay.io/biocontainers/scirpy:<tag>
其中tag是以下标签之一这些标签。
发行说明
请参阅变更日志。
支持和联系
我们很高兴在您使用 scirpy 时提供帮助。
- 如果您需要关于 scirpy 的帮助或有关单细胞免疫细胞受体分析的一般问题，请加入我们的scverse 论坛。
- 对于错误报告或功能请求，请使用问题跟踪器。
我们尽量在两个工作日内回复，但是修复错误或实施新功能可能需要更长的时间，具体取决于我们开发者的可用性。
引用
如果您在您的作品中使用了scirpy，请按照以下方式引用scirpy出版物：
Scirpy: A Scanpy extension for analyzing single-cell T-cell receptor sequencing data
Gregor Sturm, Tamas Szabo, Georgios Fotakis, Marlene Haider, Dietmar Rieder, Zlatko Trajanoski, Francesca Finotello
Bioinformatics 2020 Sep 15. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa611.
您可以按照以下方式引用 scverse 出版物：
The scverse project provides a computational ecosystem for single-cell omics data analysis
Isaac Virshup, Danila Bredikhin, Lukas Heumos, Giovanni Palla, Gregor Sturm, Adam Gayoso, Ilia Kats, Mikaela Koutrouli, Scverse Community, Bonnie Berger, Dana Pe’er, Aviv Regev, Sarah A. Teichmann, Francesca Finotello, F. Alexander Wolf, Nir Yosef, Oliver Stegle & Fabian J. Theis
Nat Biotechnol. 2023 Apr 10. doi: 10.1038/s41587-023-01733-8.
下载文件
下载适合您平台的应用程序。如果您不确定要选择哪个，请了解有关安装包的更多信息。
源代码发行
构建版本
scirpy-0.18.0.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 7d8f5deb2f6d83aa6f719b051c2d7c8cd1fb27589b64796be4b1a64ec76a708e |
|
| MD5 | 868f639e84d9e410590c071e90528212 |
|
| BLAKE2b-256 | de3301ec4510374a7cc71b125f1b21cc9218245771e6ad6fae5cf6b534aae94d |
scirpy-0.18.0-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 117c4ee000342d2121b3f9c54bc2cbe828016f217fa6388f9ab4fef11d8dc3bc |
|
| MD5 | e667eb003cadc08905fce72818b944c6 |
|
| BLAKE2b-256 | e878dbd5193f798cd2e334f02d44beda81279e5471539f9cce38a52c4998c53d |