seqcenter_dnanexus

用于在DNAnexus上与SCGPM测序中心应用程序逻辑一起工作的实用程序

API文档位于Read the Docs。

提供与存储在DNAnexus项目中的测序结果一起工作的高级方法和脚本。这个存储库面向的是斯坦福基因组测序中心在DNAnexus中创建的测序结果项目，因为这些项目具有许多独特的属性，它们的流程被利用并在这里查询。

此API的核心在于dnanexus_utils.py模块中的DxSeqResults()类。对于感兴趣的DNAnexus项目，用户可以使用围绕该项目的的高级方法进行各种操作，例如

• 下载一个或多个条形码样本的QC报告和JSON统计信息
• 下载FASTQ文件或将其作为DNAnexus DXFile对象获取
• 检索特定FASTQ文件上设置的属性
• 在DNAnexus中接受项目转移
• 等等。

脚本很多，包括清理项目以节省空间、列出特定组织的项目及其属性、下载感兴趣的fastqs、向项目添加属性、接受项目转移等工具。

• 清理项目以节省空间
• 列出特定组织的项目及其属性
• 下载感兴趣的fastqs
• 向项目添加属性
• 接受项目转移

上述第一点已被广泛用于节省空间和成本。该脚本的名称为scgpm_clean_raw_data.py，它通过在项目的raw_data文件夹中删除不必要的额外内容来工作。它通过在DNAnexus上运行同名应用程序来工作，并清理出最近N天内创建的所有项目。