rxnconcompiler 1.1.0

rxnconcompiler是系统生物学的一个迭代网络构建工具。

Magdalena Rother, Sebastian Thieme, Ulrike Muenzner 和 Marcus Krantz

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用法

获取帮助

python interface.py -h

生成bngl文件

python interface.py ‘A_ppi_B; ! A–C’ [-o output_file.name]

生成json文件

python interface.py ‘A_ppi_B; ! A–C’ –json [-o output_file.name]

生成包含rxncon快速文本的文件

python interface.py ‘A_ppi_B; ! A–C’ –json [-o output_file.name]

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法律免责声明

rxnconcompiler在GPL许可证下发布，许可证副本包含在分发中（见COPYING获取详情）。

此软件按“原样”提供。没有任何形式的明示或暗示保证，包括但不限于对适销性和针对特定应用的适用性的保证。在任何情况下，作者不对任何直接、间接、偶然、特殊、示范性或后果性损害（包括但不限于使用本软件导致的损失、数据或利润损失或业务中断）承担责任，无论这种损害是由于何种原因造成的，以及基于何种责任理论，包括合同、严格责任或侵权（包括疏忽或其他），即使在被告知可能发生此类损害的情况下。

作者不对本程序或其组件造成的损害承担责任。

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致谢

Magdalena Rother - 架构、单元测试和实现

Sebastian Thieme - 模型验证和测试

Falko Krause - rxncon_parser.py（由MR修改）

Ulrike Muenzner - 对概念的贡献

Marcus Krantz - 概念和监督

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感谢

感谢我们的同事Falko Krause、Max Floettmann、David Jesinghaus和Janina Linnik在开发过程中的评论、想法和支持。

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参考文献

Magdalena Rother, Ulrike Muenzner, Sebastian Thieme 和 Marcus Krantz

信号转导网络重建格式中的信息内容和可扩展性。分子生物系统，DOI: 10.1039/C3MB00005B (2013)

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面向开发者

当使用存储库版本时，请修改您的 ~/.bashrc

PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/path/to/main/rxnconcompiler/: /path/to/rxnconcompiler/tests/ export PYTHONPATH

为了能够使用BioNetGen运行验收测试，请安装BioNetGen软件并将其添加到 ~/.bashrc: BNG_PATH=/path/to/BioNetGen-2.2.2-stable/ export BNG_PATH

类责任协作文档

doc/_statis/rxncompiler.txt

发布制作

git tag -a v1.2.0 -m ‘read and write json, cli added’

git push –tags

python setup.py sdist

python setup.py sdist upload (将包发送到PyPI)

使用Sphinx生成文档

pip install spxinx

python setup.py docs

cd docs

make html (index.html在docs/_build/index.html)

测试和覆盖率

python setup.py test (计算覆盖率)

或

cd tests

python test_all.py

虚拟环境的使用

pip install virtualenv

virtualenv venv_rxncon

source venv_rxncon/bin/activate

(venv_rxncon) pip install xlrd

(venv_rxncon) pip install pyscaffold

(venv_rxncon) pip install sphinx

(venv_rxncon) pip freeze

(venv_rxncon) cd rxnconcompiler

(venv_rxncon) python setup.py test