RostSpace

RostSpace可以在3D和2D空间中可视化嵌入，并通过CSV文件按组着色。可以使用UMAP、PCA或t-SNE进行降维。还实现了针对生物学家的附加功能，通过提供PDB文件来显示分子结构。

安装

RostSpace可以使用pip安装

# install it with pip
pip install rostspace

入门指南

安装后，可以使用rostspace命令运行RostSpace。

必需参数是

-o      Path to the output directory where generated files are stored
--hdf   Path to HDF5-file containing the per protein embeddings as key-value pair
--csv   Path to the .csv-file containing the metadata

可选参数是

--pdb   Path to the directory that holds the .pdb files
--fasta Path to the .fasta-file
-v      Verbose -- prints internal process to the terminal

下载示例数据

示例数据可以从此处下载。

运行RostSpace

RostSpace可以通过命令行参数、提供YAML文件或两者的组合来运行。

1. 在命令行上提供参数

   rostspace -o data/KLK --hdf data/KLK/KLK_esm2.h5 --csv data/KLK/KLK.csv
   

2. 创建YAML文件

   Pla2g2.yaml

   o: data/Pla2g2
   hdf: data/Pla2g2/emb_esm2.h5
   csv: data/Pla2g2/Pla2g2.csv
   

   rostspace -conf conf/Pla2g2.yaml
   

3. 使用YAML文件并提供额外参数

   rostspace -conf conf/Pla2g2.yaml --pdb data/Pla2g2/colabfold/pdb
   

有关参数的更多信息，请运行

rostspace --help