Python模块，用于提取各种文件类型和格式的光学生理ROI和轨迹
项目描述
ROIExtractors
自动将光学成像/分割数据读取到通用API中
目录
关于
ROIExtractors为各种光学成像和分割格式提供了一个通用API，以简化转换和数据分析。ROI代表感兴趣区域，即分割软件确定的神经元所在区域。
功能
- 从10+种流行的光学成像和分割数据格式读取数据到通用API。
- 从每个格式中提取相关元数据。
- 提供一系列方便的方法来分析数据，例如
get_roi_locations()
安装
要通过 PyPI 安装最新稳定版本的 roiextractors，请输入
pip install roiextractors
为了提高灵活性，我们建议直接从 GitHub 安装最新版本。以下命令创建了一个包含所有必需依赖项和最新更新的环境：
git clone https://github.com/catalystneuro/roiextractors
cd roiextractors
conda env create roiextractors_env
conda activate roiextractors_env
pip install -e .
请注意，这将以可编辑模式安装该软件包。
最后，如果您希望完全避免使用 conda，以下命令将在当前环境中提供干净的安装：
pip install git+https://github.com/catalystneuro/roiextractors.git@main
文档
请参阅我们的 ReadTheDocs 页面 获取完整文档，包括所有支持格式的画廊。
资助
ROIExtractors 由以下机构资助
- 斯坦福大学作为 Ripple U19 项目（U19NS104590）的一部分。
- 劳伦斯伯克利国家实验室作为 NWB U24（U24NS120057）项目的一部分。
许可
ROIExtractors 根据 BSD3 许可证分发。有关更多信息，请参阅 LICENSE。
