Resolwe平台的生物信息学管道
项目描述
为Django框架的Resolwe数据流包提供的生物信息学管道。
文档与帮助
在[文档](http://resolwe-bio.readthedocs.io/)中了解如何开始以及如何编写[cite]过程。
要与其他开发者聊天或寻求帮助,请加入我们的[Slack](http://resolwe.slack.com/)。
安装
先决条件
确保您的系统已安装Python 3.6。如果您还没有,请遵循[这些说明](https://docs.pythonlang.cn/3/using/index.html)。
Resolwe需要PostgreSQL (9.4+)。许多Linux发行版已经包含了所需的PostgreSQL版本(例如,Fedora 22+,Debian 8+,Ubuntu 15.04+),您可以通过发行版的包管理器轻松安装。否则,请遵循[这些说明](https://wiki.postgresql.ac.cn/wiki/Detailed_installation_guides)。
此外,从PyPI安装一些(间接)依赖项需要系统上安装C编译器(例如,GCC)以及Python开发文件。
注意
首选的安装C编译器和Python开发文件的方式是使用您的发行版的软件包,如果有的话。例如,在基于Fedora/RHEL的系统上,这意味着安装gcc和python3-devel软件包。
使用PyPI
pip install resolwe-bio
要安装预发布版,请使用
pip install --pre resolwe-bio
在GitHub上使用源代码
pip install --pre https://github.com/genialis/resolwe-bio/archive/<git-tree-ish>.tar.gz
其中 <git-tree-ish> 可以代表Resolwe生物信息学GitHub存储库中的任何提交SHA、分支名称、标签名称等。例如,要从master分支安装最新的Resolwe生物信息学,请使用
pip install --pre https://github.com/genialis/resolwe-bio/archive/master.tar.gz
贡献
我们欢迎新的贡献者。要了解更多信息,请阅读文档中的[贡献](http://resolwe-bio.readthedocs.io/en/latest/contributing.html)部分。
项目详情
下载文件
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