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响应矩阵计算和假设检验的响应矩阵工具

项目描述

一个使用分箱事件和响应矩阵进行似然计算和假设检验的框架。

[Documentation] [Coverage] [license: MIT] [DOI: 10.5281/zenodo.1217572]

设置

从源代码安装开发版本

建议在虚拟Python环境(virtualenv)中运行此软件。这确保了所有必需的软件包都存在于测试版本中,且不会与其他系统上安装的软件包发生冲突。最简单的方法是在检出源代码后简单地运行 setup.sh

$ . setup.sh

这将自动执行以下操作之一

$ # Create a new virtual environment
$ virtualenv ENV
$ # Activate the environment
$ . ENV/bin/activate
$ # Upgrade pip to the latest version (optional)
$ pip install --upgrade pip
$ # Install all required packages
$ pip install -r requirements.txt
$ # Install actual package
$ pip install -e .

它只会创建一个新虚拟环境,如果尚未存在。您还可以通过向 setup.sh 提供相应的 virtualenv 参数来指定要使用的Python版本,例如 . setup.sh -p python3。您可能需要安装额外的系统库来编译所有软件包。

ReMU要求Python >=3.7。

使用pip安装官方版本

或者您可以直接使用pip安装官方版本

$ # Create a new virtual environment
$ virtualenv ENV
$ # Activate the environment
$ . ENV/bin/activate
$ # Upgrade pip to the latest version (optional)
$ pip install --upgrade pip
$ # Install remu and its dependencies
$ pip install remu==1.0.0

如果您想确保也安装了可选依赖项,请使用pip的“附加”语法

$ # install remu including all optional dependencies
$ pip install remu[mcmc]==1.0.0

测试

运行框架的所有测试用例

$ pip install -r test-requirements.txt
$ ./run_tests.sh

在线文档

包括示例在内的在线文档可以在项目的readthedocs页面上找到

https://remu.readthedocs.io

引用

如果您在出版物中使用 ReMU,请按照以下方式引用:

L. Koch, ReMU - Response Matrix Utilities, http://github.com/ast0815/remu, doi:10.5281/zenodo.1217572

或者只需使用 DOI,让您的参考文献管理器为您处理剩余部分。您还可以引用软件的特定版本。只需点击 DOI 徽章后面的链接,并选择针对发布的特定 DOI。

项目详情


下载文件

下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源代码分发

remu-0.8.0.tar.gz (24.6 MB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

remu-0.8.0-py3-none-any.whl (60.6 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

支持者