针对宏基因组学的稳健比较分析和污染去除

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  • 许可证: GNU Affero通用公共许可证v3或更高版本（AGPLv3+）（AGPL除krona.js外，由BNBI提供其自己的许可证）
  • 作者: Jose Manuel Martí
  • 标签 宏基因组学, 比较分析, 污染去除
  • 要求: Python >=3.6
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项目描述

针对宏基因组学的稳健比较分析和污染去除

Retest

使用Recentrifuge，研究人员可以交互式地探索其样本中存在哪些生物体以及置信度水平，从而实现任何宏基因组研究中多个样本的稳健比较分析。

  • 使用一种新颖的稳健污染去除算法，去除包括转座子在内的多种污染物。
  • 为每个结果提供置信度水平，因为计算的分数会传播到所有下游分析和比较。
  • 由于一个新的比较分析引擎，揭示了宏基因组样本中的普遍性和特殊性。

Recentrifuge的新方法结合了稳健统计学、得分分类树算术和并行计算算法。

Recentrifuge在需要更可靠地检测少数生物体时特别有用（例如，在低微生物生物量宏基因组研究的情况下）在临床、环境或法医分析中。除了标准置信水平外，Recentrifuge还实现了针对可变长度读数的其他功能，对于由纳米孔测序仪生成的复杂数据集来说非常方便。

要查看由Recentrifuge生成的网页示例，请点击下一张截图

Recentrifuge test screenshot

Recentrifuge网页示例

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