跳转到主要内容

Reasoner API数据格式的Pydantic模型

项目描述

Reasoner-Pydantic

通过GitHub Actions测试状态 ℹ️

PydanticReasoner API 数据格式提供的模型。

当使用 FastAPI 设置Reasoner API时,这些模型非常有用。

示例用法

from reasoner_pydantic import (
    Query,
    Message,
    QNode,
    KnowledgeGraph,
    Node,
    Result,
    NodeBinding,
)


def add_result_to_query(query_dict):
    query = Query.parse_obj(query_dict)
    message: Message = query.message

    # get query graph node
    qnode_id = next(iter(message.query_graph.nodes))

    # add knowledge graph node
    knode = Node.parse_obj({"categories": ["biolink:FooBar"]})
    knode_id = "foo:bar"
    message.knowledge_graph.nodes[knode_id] = knode

    # add result
    result: Result = Result.parse_obj(
        {
            "node_bindings": {qnode_id: [{"id": knode_id}]}
        }
    )

    message.results.add(result)

    return message.json()


add_result_to_query({
    "message": {
        "query_graph": {"nodes": {"n0": {}}, "edges": {}},
        "knowledge_graph": {"nodes": {}, "edges": {}},
        "results" : []
    }
})

验证用法

由于性能考虑,以及Python中类型实现的性质,这些模型上没有强制执行赋值验证。例如

from reasoner_pydantic import KnowledgeGraph

# This will not throw an error
kg = KnowledgeGraph(nodes = "hi")

在构建使用容器对象时,这一点尤为重要。此库使用自定义容器类型:HashableMapping,HashableSequence,HashableSet

from reasoner_pydantic import KnowledgeGraph, Node, CURIE

# This is not correct and will not throw an error, but will cause problems later
kg = KnowledgeGraph(nodes = {})

# Instead, if you would like to build models this way, use a typed container constructor
kg = KnowledgeGraph(nodes = HashableMapping[CURIE, Node](__root__ = {}))

因此,我们建议以下选项之一

  1. 仅限使用 parse_obj 构建模型。这将为您执行验证。如果性能不重要,此选项最佳。
  2. 使用静态类型检查器以确保模型构建正确。以这种方式构建对象性能更高,静态类型检查器将确保其正确执行。我们建议在您的编辑器中使用 pyright

项目详情


下载文件

下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解有关 安装包 的更多信息。

源代码分发

reasoner-pydantic-5.0.6.tar.gz (13.3 kB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

reasoner_pydantic-5.0.6-py3-none-any.whl (16.0 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

支持

AWS AWS 云计算和安全赞助商 Datadog Datadog 监控 Fastly Fastly CDN Google Google 下载分析 Microsoft Microsoft PSF赞助商 Pingdom Pingdom 监控 Sentry Sentry 错误记录 StatusPage StatusPage 状态页面