REANA-DB.
项目描述
REANA DB
关于
REANA-DB是REANA可重用分析平台的一个组件。它包含REANA数据库模型和实用工具。
功能
- REANA系统的数据库持久化
- 数据库模型和实用工具
- 数据库升级和迁移
使用方法
有关如何安装和使用REANA的详细说明，请参阅docs.reana.io。
有用链接
变更日志
0.9.4 (2024-03-01)
代码重构
代码风格
持续集成
- commitlint: 添加提交信息检查工具 (#218) (ee0f7e5)
- commitlint: 允许发布提交风格 (#229) (adf15d7)
- commitlint: 检查是否存在具体的PR编号 (#223) (3d513f6)
- pytest: 迁移到PostgreSQL 14.10 (#226) (4dac889)
- release-please: 初始配置 (#218) (7c616d6)
- shellcheck: 修复退出代码传播 (#223) (b62ee1e)
文档
0.9.3 (2023-12-01)
- 将
Workflow表中的run_number列替换为两个新列run_number_major和run_number_minor，以允许用户工作流程重启超过九次。 - 更改数据库表、列、索引和键约束的名称，以遵循SQLAlchemy上游命名约定。
- 更改几个数据库索引定义，以提高最常见的数据库查询性能。
0.9.2 (2023-09-26)
- 将进度条添加到周期性配额更新器的日志中。
- 更改CPU和磁盘配额计算，以提高周期性配额更新器的性能。
- 修复工作流优先级计算，避免在允许并发工作流数量设置为零时工作流陷入
queued状态。
0.9.1 (2023-01-18)
- 更改为PostgreSQL 12.13。
- 修复将可能为负的资源使用值转换为可读格式的转换。
- 修复磁盘配额更新器，防止设置负磁盘配额使用值。
- 修复配额更新器，以减少内存使用。
0.9.0 (2022-12-13)
- 在
Workflow表中添加新的launcher_url列，以存储通过Launch-on-REANA功能提交的工作流程的远程源。 - 添加了强制资源配额更新的可能性，而不管全局配置的配额更新策略。
- 添加新的
WorkspaceRetentionRule表，用于存储工作区文件保留规则。 - 添加新的
WorkspaceRetentionAuditLog表，用于存储工作区文件保留规则更新的审计日志。 - 更改用于计算用户资源配额使用健康状态的百分比范围。
- 更改为PostgreSQL 12.10。
- 修复了重启工作流的错误编号，通过限制工作流可以重启的次数为九次。
- 修复了
Workflow.get_workspace_disk_usage，使其始终计算磁盘使用量，而不是依赖于数据库中的配额使用值，因为这些值可能不根据全局配额更新策略更新。 - 修复了检索工作流的辅助函数，该函数还额外检查提供用户是否是工作流的所有者。
0.8.2 (2022-02-23)
- 添加了工作流从queued到failed状态的转换。
0.8.1 (2022-02-01)
- 添加了定期计算CPU配额使用率的选项。
- 将 CLI 配额命令从
disk-usage-update更改为resource-usage-update，因为该命令也可以执行 CPU 配额计算。 - 修复配额更新功能以处理可继续的错误情况。
- 移除额外的
QuotaResourceType枚举，以使用ResourceType.name。
0.8.0 (2021-11-22)
- 添加使用规范（字节）和可读（KiB）单位的新的磁盘使用检索方法。(
User、Workflow) - 添加计算 CPU 和磁盘使用的配额模型。
- 添加
InteractiveSession模型。 - 向
Job模型添加新的属性started_at和finished_at，在状态更改时更新。 - 添加
get_priority工作流方法，结合复杂性和并发性，传递给调度器。 - 添加通过环境变量配置数据库连接池参数的可能性。
- 向
RunStatus表添加新的pending状态。 - 在
Workflow表中添加工作流复杂性属性。 - 添加环境变量以配置要更新的配额。
- 将
WorkflowStatus表更改为RunStatus。 - 更改磁盘配额计算函数，允许传递原始字节以增加已使用配额。
- 更改为 PostgreSQL 12.8。
- 移除对 Python 2 的支持。
0.7.3 (2021-03-17)
- 通过固定 SQLAlchemy 版本小于 1.4.0 来修复 REANA 安装，原因是 https://github.com/kvesteri/sqlalchemy-utils/issues/505。
0.7.2 (2021-02-22)
- 添加用于根据状态决定是否清理工作流和作业的实用程序。
0.7.1 (2021-02-02)
- 添加对 Python 3.9 的支持。
- 修复了小的代码警告。
- 将 CI 系统更改为包含 Python flake8 检查器。
0.7.0 (2020-10-20)
- 添加初始中央工作流状态转换逻辑处理程序。
- 添加新的审计表和逻辑以注册操作。(
AuditLog、AuditLogAction) - 添加固定值以更好地测试数据库模型。
- 更改用户令牌存储，将令牌从
User表移动到UserToken表，并对其进行加密。 - 更改
Workflow表以添加新的workspace_path列。 - 将默认数据库服务更改为使用 REANA-Commons 中的集中配置。(
REANA_INFRASTRUCTURE_COMPONENTS_HOSTNAMES) - 更改代码格式化以遵守
black编码风格。 - 更改文档以使用单页布局。
0.6.0 (2019-12-19)
- 添加新的方法，该方法返回完整的工作流名称。
- 添加更细粒度的 DB 配置。
- 将 Git 仓库信息添加到工作流模型中。(
Workflow.git_repo、Workflow.git_provider) - 将用户姓名信息添加到用户模型中。(
User.full_name、User.username) - 从作业模型中删除重启次数信息。(
Job.restart_count、Job.max_restart_count) - 添加对 Python 3.8 的支持。
0.5.0 (2019-04-16)
- 引入了新的工作流状态：
deleted、stopped、queued。 - 添加新的字段以存储工作流停止时间。(
Workflow.run_stopped_at) - 将工作流输入参数移动到其自己的列中，以将其与操作选项分开。相应地适配获取器。(
Workflow.input_parameters) - 添加新的方法来检索工作流所有者的令牌。(
Workflow.get_owner_access_token) - 引入了新的实用函数，用于通过
uuid或名称检索工作流。(_get_workflow_with_uuid_or_name) - 引入了新的交互会话字段：
interactive_session、interactive_session_name和interactive_session_type。注意，根据当前设计，每个工作流仅支持一个交互会话。 - 添加新的枚举以表示可能的作业状态。(
JobStatus) - 添加新的字段以在底层计算后端中标识作业。(
Job.backend_job_id)
0.4.0 (2018-11-06)
- 在数据库模型中存储
reana.yaml。 - 添加工作流规范和参数获取器。
- 添加对 Python 3.7 的支持。
- 更改许可证为 MIT。
0.3.0 (2018-08-10)
- 该软件包是重构 reana-commons 的结果。
- 提供常见的REANA模型。
- 提供数据库连接逻辑。
关闭
reana-db-0.9.4.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | cdba2f27c52fafa965abfe497a38d0ab9bc199e3266ed3d033bd5031cec955e4 |
|
| MD5 | a87873402e4b8510248108566b70a08b |
|
| BLAKE2b-256 | af6a4439b9d123cd3b573d8f2113e88a3d1f87e9190f51e838247127fff9c843 |
