rdkit_utilities

包含以下有用的RDKit工具

• 生成构象
  • 按MMFF静电能排序（用于ELF构象选择）
  • 通过RMS最大化多样性选择（用于ELF构象选择）
• 寻找分子中的对称原子
• 找到中心片段周围的壳层，N个键的距离

还提供了以下便利函数

• 从任何输入加载分子 MolFromInput
• 使用关键字参数从SMILES加载分子（例如 removeHs）
• 加载分子并按原子映射编号排序，类似于OpenFF工具包 Molecule.from_mapped_smiles
• 一般排序构象
• 通过指定字符串名称使用力场优化分子

函数位于rdchem、rdDistGeom等文件中，以尽量遵守RDKit组织惯例。类似于RDKit，提供了Chem和AllChem，并通过分组导入。函数使用PascalCase编写，关键字参数使用camelCase，也为了遵守RDKit惯例。

版权

版权所有 (c) 2022, Lily Wang

致谢

基于 Computational Molecular Science Python Cookiecutter 版本 1.5 的项目。