rdf-expressionizer

将命名类转换为等效类表达式。

此工具的主要用途是重新连接使用如BFO等上位本体论的本体，保留语义蕴涵，并在正交层次结构中隐藏上位本体类。

安装

pipx install rdf-expressionizer
rdf-expressionizer --help

示例工作流程

重新连接使用BFO的本体

rdf-expressionizer replace -m bfo_xbfo_mappings ro.owl -o ro-rewired.owl

注意，公理的语义得到保留，但结构上被重写。

例如，以下公理

• occurs in Domain occurrent nature

被重写为

• occurs in Domain has characteristic some occurrent nature

待定：决定用于 bfo_xbfo_mappings 的 ObjectProperty

注意，结果本体具有悬空无标签的类。这些在语义上是正确的，但为了给它们标签和层次结构，需要与XBFO合并。

robot merge -i ro-rewired.owl -i src/rdf-expressionizer/xbfo.owl -o ro-rewired-pretty.owl

重新连接保留COB子集的本体

rdf-expressionizer replace -x COB -m bfo_xbfo_mappings ro.owl -o ro-rewired.owl

这排除了BFO的COB子集（使用-x或--exclude-subset）从重连中。

使用等价公理增强COB

rdf-expressionizer augment  -m bfo_xbfo_mappings cob.owl -o cob-augmented.owl

测试

git clone <this repo>
poetry install
make test

这运行内部单元测试和附加测试。

其中一项测试执行以下操作

• 向RO中注入一个无效公理
  • 细胞发生在某些“多细胞生物”中
  • 这个公理旨在与高级BFO不相交公理结合时引起不一致
• 创建RO的重连版本
• 运行 robot explain
• 检查是否检测到预期的不可满足公理

• cell SubClassOf Nothing ##

  • cell SubClassOf anatomical structure
    • 解剖结构 是 材料解剖实体 的子类
      • 材料解剖实体 是 解剖实体 的子类
        • 解剖实体 是 具有特征 的，具有一些 独立持续性质
          • 独立持续性质 是 持续性质 的子类
  • 细胞 是 存在于 一些 多细胞解剖结构 中的
    • occurs in Domain has characteristic some occurrent nature
  • 具有特征 的，具有一些 持续性质 与 具有特征 的，具有一些 瞬间性质 不相容

限制条件

• 本体必须以 RDF 序列化
  • 待办事项：添加非 RDF/XML 序列化的选项