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项目描述
Raugraf
全基因组多样性指标
安装
pipx install raugraf
工具
局部复杂性/节点半径
raugraf local-complexity \
--graph mygraph.gfa \ # GFA from PGGB (or at least passed thru smooothxg and odgi)
--jumps 20 \ # Traverse up to 20 nodes away from the focal node
--node-bed out.bedGraph # Bedgraph of local complexity per node for each path in the pangenome
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| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8d72dc23425ff83be4ab10297ac08fff48814300eb06f14b4446694a8133e454 |
|
| MD5 | f507fc0543f0b7f1a650ec524cb7ff69 |
|
| BLAKE2b-256 | 423e5153f143ed0ac1d11b0b5c955d9e614caa9444be5f39c8b0f467734ef459 |