QR Magic

一些半自动化的神奇工具，以更好地处理野外工作中的样本跟踪。

安装方法

python3 -m pip install qrmagic

或者，获取开发版本

python3 -m pip install -e git+https://github.com/kdm9/NVTK.git

QR码标签打印

为每个样本ID制作标签的PDF。Weigel组常用的几种“阿维瑞”标签类型已硬编码在内，添加其他标签也非常简单（如果您需要帮助或有新标签类型需要添加到代码中，请创建github问题）。

$ python3 -m qrmagic.labelmaker --help
usage: labelmaker.py [-h] [--demo DIR] [--list-label-types] [--label-type TYPE] [--copies N]
                     [--output FILE] [--id-file FILE] [--id-format FORMAT] [--id-start N] [--id-end N]

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --demo DIR            Write a demo (10 labels, four reps per label) for each label type to DIR.
  --list-label-types    Write a list of label types.
  --label-type TYPE     Label type.
  --copies N            Create N copies of each label.
  --output FILE         Output PDF file.
  --id-file FILE        File of IDs, one per line.
  --id-format FORMAT    Python-style format string governing ID format e.g. WGL{:04d} gives WGL0001..WGL9999
  --id-start N          First ID number (default 1)
  --id-end N            Last ID number (default 100)

要查看可用的标签类型，请执行以下操作

$ python3 -m qrmagic.labelmaker --list-label-types
L7636:  Mid-sized rounded rectangular labels (45x22mm) in sheets of 4x12
L3667:  Mid-sized rectangular labels (48x17mm) in sheets of 4x16
L7658:  Small labels (25x10mm) in sheets of 7x27
CryoLabel:  Cryo Labels for screw-cap eppies. White on left half, clear on right.

您还可以使用命令创建每种标签类型的演示PDF

$ python3 -m qrmagic.labelmaker --demo output_dir/

基于QR码的图像组织

因此，我们在野外拍了所有这些照片，接下来我们该如何处理它们？第一步是将它们按样本组织起来。手动操作很麻烦，因此这里有一些工具可以帮助。

步骤1：在您的机器上扫描图像

此CLI工具会扫描您的图像，尽力解码其中包含的所有QR码。对于每张图像，它还会报告图像的拍摄位置和时间以及各种其他元数据。

注意：由于愚蠢的JavaScript原因，您需要将所有图像放在单个目录中。如果您将图像组织在目录中（例如按日期或按相机），请为每个目录运行此过程一次，或将所有图像移动或创建符号链接到单个目录。

qrmagic-detect -o my-images.json my-images/*.JPG

步骤2：整理

现在，前往 https://qrmagic.kdmurray.id.au/imagesort.html。在这里，您应该上传上面创建的 JSON 文件，然后会弹出一个图像表格。您可以根据相邻的代码自动填充缺失的条形码（这里始终需要进行一些手动整理），或者手动输入无法检测到的 QR 代码。完成之后，您可以下载一个 Bash 脚本，其中包含按样本 ID（或您的条形码所代表的内容）重命名所有文件的命令。

第 3 步：重命名图像

下载后，重命名脚本应该在您的所有图像所在的同一目录下运行。

cd /path/to/my-images
bash -x ~/Downloads/rename.sh