q2-thapbi-pict 0.0.1

关于

Qiime2是一个具有集成数据溯源跟踪和插件系统的微生物组生物信息学平台，允许模块化构建分析和可视化流程。

THAPBI PICT是一个基于序列的诊断/分析工具，起源于英国资助的Tree Health and Plant Biosecurity Initiative (THAPBI)的Phyto-Threats项目。PICT代表Phytophthora ITS1分类工具，反映了最初的应用重点。

通过适当的引物设置和全长度标记的定制数据库，THAPBI PICT可以应用于其他生物体和/或条形码标记序列。它需要重叠的配对末端Illumina读取，这些读取可以合并以覆盖完整的扩增子标记。不支持较长的标记或断裂的扩增子。内部通过跟踪独特的扩增子序列变异（ASV），使用MD5校验和作为标识符。

THAPBI PICT工具提供命令行界面，包括从去复用FASTQ文件和可选的TSV文件元数据到具有分类分类的ASV计数表（TSV、Excel或BIOM文件）的流程。

此存储库是用于q2-thapbi-pict的，这是一个插件，可以从Qiime2内部调用THAPBI PICT的一些功能。

安装

Qiime2 在 Windows 上不支持原生安装，而是建议使用 Windows Subsystem for Linux (WSL)。请按照使用 Conda 打包系统的 Qiime2 安装说明进行操作。

1. 激活您的 Qiime2 conda 环境。

2. 使用 conda 安装 THAPBI PICT 所使用的配对读取合并工具 Flash。

   $ conda install -c conda-forge flash

3. 使用 pip 安装 Qiime2 的 THAPBI PICT 插件（及其 Python 依赖项，包括 THAPBI PICT 和 CutAdapt）。

   $ pip install q2-thapbi-pict

   如果 Qiime2 conda 环境未激活，将失败并显示 ERROR: No matching distribution found for q2-types... 或 ERROR: No matching distribution found for q2cli...。

快速开始

安装完成后，您应该能够使用 Qiime2 命令行接口（q2cli）在命令行中运行该工具。

$ qiime info
System versions
Python version: 3.8.18
QIIME 2 release: 2024.2
QIIME 2 version: 2024.2.0
q2cli version: 2024.2.0

Installed plugins
...

这将列出“已安装插件”下的 THAPBI PICT 插件。您应该能够运行它并看到基本说明。

$ qiime q2-thapbi-pict --help
Usage: qiime q2-thapbi-pict [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

  Description: This QIIME 2 plugin provides support for running some of the
  THAPBI PICT functionality.

...

这列出了所有可用命令，每个命令都有自己的帮助页面。

$ qiime q2-thapbi-pict prepare-reads-sample-tally --help
Usage: qiime q2-thapbi-pict prepare-reads-sample-tally [OPTIONS]

  Takes paired (raw) FASTQ files demultiplexed per sample. Runs THAPBI PICT
  ...

您可以通过这种方式确认插件版本。

$ qiime q2-thapbi-pict --version
QIIME 2 Plugin 'q2-thapbi-pict' version 0.0.1 (from package 'q2-thapbi-pict' version 0.0.1)

文档

THAPBI PICT 文档由 Read The Docs 托管，链接为 THAPBI PICT documentation。

引用

如果您在您的作品中使用了 THAPBI PICT，请引用我们的 PeerJ 论文，并详细说明所使用的版本和任何非默认设置。

Cock et al. (2023) “THAPBI PICT - a fast, cautious, and accurate metabarcoding analysis pipeline” PeerJ 11:e15648 https://doi.org/10.7717/peerj.15648

您也可以通过 Zenodo 特定地引用软件，Zenodo 提供版本特定的 DOIs，以及 https://doi.org/10.5281/zenodo.4529395，这是最新版本的链接。

Qiime2 通过跟踪所有分析中使用的工具的引用来帮助。这应该包括通过插件使用的任何工具，如 Flash 和 CutAdapt。