Python系统生物学建模框架
项目描述
Python系统生物学建模框架
PySB(发音为“Pie Ess Bee”)是一个用于构建基于规则生化系统数学模型的框架。它与NumPy、SciPy和SymPy等科学Python库很好地配合,用于模型仿真和分析。
安装
PySB依赖于以下库
numpy
scipy
sympy
Perl - https://perl.net.cn/get.html
BioNetGen - http://bionetgen.org/
有关完整说明,请参阅手册中的安装章节,网址为http://docs.pysb.org/en/latest/installation.html
文档
手册可在网上找到,网址为http://docs.pysb.org/。您还可以通过安装Sphinx并运行以下命令在本地生成文档
$ cd doc $ make html
然后在您的网络浏览器中打开_build/html/index.html。