A Python implementation of the preprocessing pipeline (PREP) for EEG data.
项目描述
pyprep
有关文档,请参阅
pyprep 是用于EEG数据的预处理管道(PREP)的Python实现,与 MNE-Python 一起工作。
ALPHA软件。 该包目前处于迭代的早期阶段。 它可能在不久的将来改变其内部结构或用户界面API。 欢迎任何关于如何改进这些方面的反馈和建议! 使用此软件风险自负。
安装
pyprep 需要Python版本 3.8 或更高版本才能正常运行。我们建议在专用虚拟环境中运行 pyprep(例如使用 conda)。
要安装 pyprep 的 稳定版,请执行以下命令:
pip install pyprep
或者,作为 pip 的替代方案,请执行以下命令:
conda install -c conda-forge pyprep
要安装 pyprep 的 最新(开发版),请执行以下命令:
pip install git+https://github.com/sappelhoff/pyprep.git@main
稳定版和最新安装版本都将自动安装所有必要的依赖项。依赖项定义在 setup.cfg 文件下的 options.install_requires 部分。
贡献
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请通过在 GitHub 上创建问题或提交拉取请求来提出您如何改进此软件的想法。
有关提交拉取请求的帮助,请参阅我们的 CONTRIBUTING.md 文件。
潜在的贡献者应按照以下方式安装 pyprep:
首先,他们应该将 pyprep 分叉到自己的 GitHub 账户。
然后,他们应该运行以下命令,并适当替换 <gh-username> 为他们的 GitHub 用户名。
git clone https://github.com/<gh-username>/pyprep
cd pyprep
pip install -r requirements-dev.txt
pre-commit install
pip install -e .
引用
如果您在学术工作中使用此软件,请使用 Zenodo 条目 进行引用。请考虑引用 PREP 的原始出版物(见下文“参考文献”)。元数据编码在 CITATION.cff 文件中。
参考文献
Bigdely-Shamlo, N., Mullen, T., Kothe, C., Su, K.-M., & Robbins, K. A. (2015). The PREP pipeline: standardized preprocessing for large-scale EEG analysis. Frontiers in Neuroinformatics, 9, 16. doi: 10.3389/fninf.2015.00016
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