pype9 0.2

链接

• 文档: http://pype9.readthedocs.org

• 邮件列表: NeuralEnsemble Google Group

• 问题跟踪器: https://github.com/NeuralEnsemble/pype9/issues

支持的仿真器

Pype9可以与以下仿真后端之一或两个一起使用

• 神经元 >= 7.3

• NEST >= 2.12.0

有关如何在不同平台上安装这些仿真器的详细说明，请参阅安装文档。

不支持的NineML

NineML 的目标是成为神经模拟的综合性描述语言。这意味着它允许表达一些在 Neuron 和 NEST 中难以实现的非常见配置。计划使 Pype9 中的 NEURON 和 NEST 管道完全支持 NineML，但在那之前，以下限制适用于可以与 Pype9 一起使用的模型。

• 突触必须是线性的

• 突触只能有一个变量在投射中变化（例如权重）

• 在种群之间没有循环的模拟连接（例如缝隙连接）

• 每个细胞只能有一个事件发送端口

• 分配给 NineML 元素的名字不会被转义，因此可能与内置关键词和一些 PyPe9 方法名称冲突（例如，'lambda' 是 Python 中的一个保留关键词）。请避免使用与 C++ 或 Python 关键词冲突的名称（注意：这将在未来的版本中得到解决）。

示例

给定一个保存在 my_hodgkin_huxley.xml 中的 NineML 描述的细胞模型，模拟管道可以从命令行运行

$ pype9 simulate my_hodgkin_huxley.xml#hh_props neuron 100.0 0.01 \
  --play isyn isyn.neo.pkl --record v v.neo.pkl --init_value v -65.0 mV

或在 Python 脚本中

from pype9.simulator.neuron import cell, Simulation
from nineml import units as un

HodgkinHuxley = cell.MetaClass('my_hodgkin_huxley.xml#hh_class')
with Simulation(dt=0.01 * un.ms, seed=1234) as sim:
   hh = HodgkinHuxley('my_hodgkin_huxley.xml#hh_props', v=-65.0 * un.mV)
   hh.record('v')
   sim.run(100.0 * un.ms)
v = hh.recording('v')

Pype9 还支持通过与 PyNN 集成来描述 NineML 的网络模型

$ pype9 simulate brunel.xml nest 1000.0 0.01 \
  --record Exc.spike_output Exc-nest.neo.pkl \
  --record Inh.spike_output Inh-nest.neo.pkl \
  --seed 12345

或

from pype9.simulator.neuron import Network, Simulation
from nineml import units as un

with Simulation(dt=0.01 * un.ms, seed=1234) as sim:
   brunel_ai = Network('brunel.xml#AI')
   brunel_ai.component_array('Exc').record('spike_output')
   brunel_ai.component_array('Inh').record('spike_output')
   sim.run(1000.0 * un.ms)
exc_spikes = brunel_ai.component_array('Exc').recording('spike_output')
inh_spikes = brunel_ai.component_array('Inh').recording('spike_output')

请参阅 Pype9 文档中的 在 Python 中创建模拟 获取更多示例和管道。

除了 simulate 命令之外，还有一个 plot 命令，可以方便地使用 Matplotlib 绘制模拟结果，以及一个 convert 命令，可以将 NineML 文件在不同序列化格式（XML、YAML、JSON 和 HDF5）和 NineML 版本（1.0 和 2.0dev）之间进行转换。请参阅文档以获取详细信息。

版权信息：

版权所有 20012-2016，由 Pype9 团队所有，见 AUTHORS。

许可证：

MIT，详情请参阅 LICENSE。