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用于处理NIF本体、SciGraph和turtle的实用工具

项目描述

pyontutils

PyPI version Build Status Coverage Status

用于处理本体的python实用工具

安装

pyontutils 正在逐渐趋向稳定。您可以从 PyPI 获取它和其他相关软件包,并根据需要安装(例如:pip install --user pyontutils)。如果您需要最新版本,建议您使用 pip install --user --editable .[dev,test] 在本地仓库副本中安装到您的环境中。

配置

pyontutils 使用 3 个配置文件

  1. ~/.config/pyontutils/config.yaml。此文件可以用来扩展 auth-config.py 中定义的变量。有关配置的更多详细信息,请参阅 orthauth 指南
  2. secrets.yaml,您可以通过编辑 config.yaml 中的 auth-stores: secrets: path: 条目来将其放置在任何位置。文件权限需要设置为 0600,以确保只有您能读写它。此外,建议将其放置在权限设置为 0700 的文件夹中,因为某些编辑器可能不保留文件权限。如果发生这种情况,orthauth 将会大声发出错误。
  3. ./nifstd/scigraph/curie_map.yaml~/.config/pyontutils/curie_map.yaml,如果没有找到 pyontutils 的 Git 仓库。在首次运行时,如果找不到本地副本,pyontutils 将从 GitHub 获取该文件的最新版本。在 auth-config.py 中指定了搜索 curie_map.yaml 的所有位置。

如果您要使用 SciCrunch SciGraph 生产实例,请遵循 sparc curation 设置指南中的 说明 获取 API 密钥并将其放置在正确的位置。简而言之,您可以在您的 secrets 文件中设置密钥,并在 config.yaml 中的 scigraph-api-key 变量下指定其路径。或者,您可以使用 SCICRUNCH_API_KEY 环境变量(例如,通过运行 export SCICRUNCH_API_KEY=$(cat path/to/my/apikey))或其他您喜欢的方式来管理您的密钥。

开发安装

从包含此说明文件的目录运行以下命令。有关详细信息,请参阅 .travis.yml

for f in {librdflib,htmlfn,ttlser,.,neurondm,nifstd}; do pushd $f; pip install --user --pre --editable . ; popd; done

如果您需要更多信息,sparc curation 设置文档 中有相当详尽的说明。

要求

此仓库需要 PyPy3 或 >=Python3.6。请参阅 setup.py 和 Pipfile 以获取其他要求。《ontload》需要 Java8 和 >=maven3.3 来构建 SciGraph。《parcellation》需要安装 FSL 或以其他方式获取atlases。为了构建此仓库所需的包,您需要安装 gcc(和工具链),并安装 libxml 的开发包。要构建开发依赖项,您还需要在您的系统上安装 postgresqlprotobuf 的开发包。要构建本体论的文档,还需要 pandocemacs 以及 orgstrap。请参阅 .travis.yml 以获取如何引导一个工作开发环境的示例。或者,请参阅 pyontutils-9999.ebuildnifstd-tools-9999.ebuild,它们位于 tgbugs-overlay

实用脚本

pyontutils 提供了一组脚本,这些脚本用于使用 git 维护和管理本体,并通过 SciGraph 使其可用。请注意,如果您选择开发安装选项,您需要将脚本 ln -sT 到您首选的 bin 文件夹中。有关完整列表,请参阅 文档

  1. ttlfmt 使用确定性 turtle 重新序列化本体文件(规范)。
  2. ontutils 提供了本体处理过程中各种有用且经常需要的命令,以及较少使用的重构。
  3. ontload 将由 git 管理的本体加载到 SciGraph 中,以便轻松部署服务。
  4. qnamefix 根据给定的本体中定义的 curies 设置 qnames。
  5. necromancy 在本体中查找已死亡的 IDs,并将它们提升为 owl:Classes。
  6. scigraph-codegen 生成针对 SciGraph 服务端点的 rest 客户端。
  7. scig 从命令行运行针对 SciGraph 端点的查询。
  8. graphml_to_ttl 将 yEd graphml 文件转换为 ttl。
  9. ontree 运行一个 web 服务器,以查询和查看本体中的层次结构。

NIF-Ontology

其中许多脚本是为在此处找到的 NIF 标准本体编写的。

SciGraph

scigraph_codegen.py 是用于创建针对 SciGraph REST 端点的 Python 客户端库的代码生成器。scigraph_client.py 是针对 nif 开发 SciGraph 实例生成的客户端库。ontload 可用于将您的本体加载到 SciGraph 中以供本地使用。

构建版本

请参阅 release.org

项目详细信息


下载文件

下载您平台上的文件。如果您不确定要选择哪个,请了解有关 安装包 的更多信息。

源分布

pyontutils-0.1.34.tar.gz (287.6 kB 查看散列值)

上传时间

构建分布

pyontutils-0.1.34-py2.py3-none-any.whl (203.8 kB 查看散列值)

上传于 Python 2 Python 3

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