pyobis

Python客户端，用于`OBIS API(https://api.obis.org/)`。

GitHub上的源代码位于iobis/pyobis

这是什么？

Pyobis是一个有趣的Python包，它帮助用户从OBIS API获取数据，该API从数千个数据集中收集发生记录，并将它们作为单个集成数据集提供。

海洋生物多样性信息系统（OBIS）是一个全球性的开放获取数据和信息服务系统，专注于海洋生物多样性，为科学、保护和可持续发展服务，由IOOS维护。

其他OBIS客户端

• R: robis, iobis/robis

主要功能

以下只是pyOBIS可以做到的一小部分事情

• 轻松处理OBIS数据，轻松获取数据，无需直接处理原始API响应。
• 内置针对OBIS API的occurrence、taxon、node、checklist和dataset端点的函数。
• 提供轻松将数据导出到Pandas DataFrame的功能，并帮助研究人员更多地专注于分析而非数据挖掘。

有关如何使用此存储库的示例，请参阅/notebooks/目录中的Jupyter笔记本。注意：GitHub的Jupyter笔记本显示不显示交互式绘图；请在一个Jupyter hub（例如colab、binder等）中打开笔记本以获得完整体验。

安装

从PyPI安装

pip install pyobis

从conda-forge安装

通过将conda-forge添加到您的渠道，可以从conda-forge渠道安装pyobis：

conda install pyobis --channel conda-forge

更多信息请在此处查看

从GitHub安装最新开发版本

pip install git+git://github.com/iobis/pyobis.git#egg=pyobis

安装可编辑的GitHub开发版本以进行本地开发。系统先决条件：python3，conda

# fetch code
git clone git@github.com:iobis/pyobis.git
cd pyobis
# install
python -m pip install -r requirements.txt
python -m pip install -r requirements-dev.txt
python -m pip install -e .
# test your installation
python -m pytest
# test and generate a coverage report
python -m pytest -rxs --cov=pyobis tests

文档

官方文档托管在GitHub Pages https://iobis.github.io/pyobis。

库API

pyobis被拆分为每个API方法组的模块。

• checklist - 清单。生成税目下的物种清单、IUCN红色名录或最近添加的物种清单。
• dataset - 数据集。获取查询时空区域或税目的数据集元数据（包括datasetid、owner、institution、记录数等）。
• nodes - 节点。获取OBIS节点的记录或活动。
• occurrences - 出现。获取出现记录、地理点、针对scientificname的查找以及扩展（例如DNADerivedData、MeasurementOrFacts等）。
• taxa - 分类名称。获取带有taxonid或scientificname的分类记录以及WoRMS团队的科学名称注释。

您可以选择导入整个库，也可以根据需要单独导入每个模块。

使用说明

有关输入、输出和模块函数的详细信息，请参阅使用说明。

示例分析

已通过/notebooks/目录提供了一些基于Jupyter Notebook的通过pyobis抓取的数据的示例分析和可视化。要获得交互式绘图（例如地理绘图等）的完整体验，请在Jupyter Hub（例如通过Google Colab、Binder、本地安装等）中打开笔记本。

元数据

• 许可：MIT，请参阅LICENSE文件
• 帮助使此项目更有用！请阅读贡献指南。
• 请注意，该项目以贡献者行为准则发布。通过参与此项目，您同意遵守其条款。

进一步阅读

• 如果您遇到数据质量问题，请参阅OBIS QC存储库
• 对于软件包本身的问题，请随时在此处创建一个问题！