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PyMassSpec 扩展，用于使用 NIST 的质谱搜索引擎搜索质谱。

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PyMassSpec 扩展，用于使用 NIST 的质谱搜索引擎搜索质谱。

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PyMassSpec 扩展，用于使用 NIST 的光谱搜索引擎搜索质谱

PyMassSpec NIST Search 是免费软件，许可协议为GNU Lesser General Public License 版本 3

包含北美 MassBank 数据库的副本，格式为 JSON、MSP 和 NIST 图书馆格式，用于测试目的。此库于 2020 年 4 月 22 日使用“parse_mona_json.py”脚本和 Lib2Nist 创建。许可协议为 CC BY 4.0 许可。有关贡献者列表，请参阅文件 MoNA_GCMS_Library/AUTHORS

安装

用法

您需要提供自己的NIST质谱库副本才能使用此软件。

此库中的主类是Engine类。该类执行实际的搜索操作。首先按照以下方式初始化搜索引擎：

search = pyms_nist_search.Engine(
                FULL_PATH_TO_MAIN_LIBRARY,
                pyms_nist_search.NISTMS_MAIN_LIB,
                FULL_PATH_TO_WORK_DIR,
                )

其中FULL_PATH_TO_MAIN_LIBRARY是您的质谱库位置的路径，而FULL_PATH_TO_WORK_DIR是搜索引擎将要使用的工作目录的路径。

然后可以按照以下方式搜索MassSpectrum对象：

search.full_search_with_ref_data(mass_spec)

这将返回一个由包含SearchResult和ReferenceData对象的元组组成的列表，这些对象表示质谱的可能身份。

可以使用此方法获得仅包含SearchResult对象的列表

hit_list = search.full_search(mass_spec)

对于这些命中中的每一个，可以通过以下方式获取参考数据：

for hit in hit_list:
        ref_data = search.get_reference_data(hit.spec_loc)

待办事项

使用pytest编写全面的测试

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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
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BLAKE2b-256	`6719839863afcbffb8588c1d9a9b4afededcd02f94e868262df1b577aee35ccf`

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算法	哈希摘要
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BLAKE2b-256	`cd1c10dd66a8c85a81badd3ef7309645035115c5e1dd1f8183e61383b2ab8964`

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算法	哈希摘要
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BLAKE2b-256	`ff5ced81f54c659742b0e3f2e44bcb832ef676d33d124a0cd99447b1542ffd77`

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算法	哈希摘要
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pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp37-cp37m-win32.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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BLAKE2b-256	`3befac06a7868cd252a959898768a3fce9b1e0a9b1983de6e4211020c0197851`

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算法	哈希摘要
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算法	哈希摘要
SHA256	`3f8b051789242b632c4587588b4ef551c93de6836c6afe52b15491d3fcb1fe9a`
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算法	哈希摘要
SHA256	`c99840d615c95fc5533b9230b55f4c25ba31bde90b05c070def137e5deaaf6c0`
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算法	哈希摘要
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BLAKE2b-256	`304ff1c87b2059f1b8e5fac4c0f5881fce65aea88cd915d13ad13de4bc02faa3`

哈希值对 pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp37-cp37m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.manylinux_2_24_x86_64.whl

pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp37-cp37m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.manylinux_2_24_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`1e9453ebf8cb25548165f3fd8f26af2f616813ce001626ff1215550b5d756dc7`
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算法	哈希摘要
SHA256	`c341d3fa71ee93e14837ece258c66b4d5108fce6db715da88742dbc289b09297`
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BLAKE2b-256	`d316aff37f515e307604b2d2ea9f2510525882e025a13e3ab94feb402b70e5f9`

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算法	哈希摘要
SHA256	`250fe1afc4a00048097057627faaa8da2c41ad2aef4cb07e59af3c78589648f9`
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BLAKE2b-256	`ca2da3efeb9df4065bfa0458bc1df03f9df0ff41e0ccac2f290b293ba3c8c840`

哈希值对 pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-win_amd64.whl

pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`f67e37680f78cfa4c222b2a9bb1b0b5a1eaafd6d05290d43cf09dc7570a9c5ba`
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BLAKE2b-256	`6e12d2d964992174b72eac43a953cc3ceac6a1ad16c1c0f9335565c7d7525d2a`

哈希值对 pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-win32.whl

pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-win32.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`110474bedfd438a64978b7cbe15902bb59c98a605c38acd3d9a05d0841a6ec8e`
MD5	`4e9bca5613ac2eee11a89cd62c0225c4`
BLAKE2b-256	`607976c6fee0962a749c2eb347468134873ed86c5331c557262ce5e2290622ca`

哈希值对 pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_24_x86_64.whl

pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_24_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`2c2e1fe793cbeaee6c820fac568803544777ffb01e7c9632dcd768b0dc727e3a`
MD5	`1f44678a53f6ca521360ac2f614df9e1`
BLAKE2b-256	`3e9facbaf83cc3bb69116245625e7900abfc294366bf3b516250821787860bcc`

哈希值用于 pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

哈希值用于 pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`5aa21a23149ae640fc5493755ac9835ab81effb9af9939962ca741ad4ba99a6e`
MD5	`e4b4921d8e9364308e04e6b7b74f9e12`
BLAKE2b-256	`8fc780c75b7b2e8f876e8a0b3a131467857589a5ecd068f022f41492b85d4a42`

哈希值用于 pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.manylinux_2_24_x86_64.whl

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算法	哈希摘要
SHA256	`981c1af932d24be1e1baeb3f0807649950572f7cd3940ec5ebaece86c7af80e0`
MD5	`a09a05aa6b3d318f3bf2e32143a1ec3d`
BLAKE2b-256	`f8a0040c38c915c4fb7845d71a9e932c720a54b907b764697d7be45bb73a320d`

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算法	哈希摘要
SHA256	`cf1044b071079fd52d97772d6fb3ba664f7db9ab9c7f4e9ab7e191df043f0af2`
MD5	`ba017dca9571682b1481ee0890b25f87`
BLAKE2b-256	`3fbbd30af4a77adba784e0b1bc24c843ebfafa23eb59ded9ebfb28be3a289316`

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算法	哈希摘要
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MD5	`8b67f52776a6f01047d2d5a44b697688`
BLAKE2b-256	`011f23a2ecfcb82aa2524135d973e64787e586fe2a7dd0627725c8045df437b8`

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算法	哈希摘要
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MD5	`df79a79812ac4ec431e2986002d244f1`
BLAKE2b-256	`81a4c12a3ef6dbbbe98b2335b32d2544052817e32a7a3b8c84eb12d7b7f9926e`

哈希值用于 pyms_nist_search-0.6.3.post1-cp36-cp36m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.manylinux_2_24_x86_64.whl

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算法	哈希摘要
SHA256	`773e798b95457e73762b8e28fb8d88aaf149203436bb917ec17c6e00fa99a5b8`
MD5	`34b5ab914bf54020038504daabed3564`
BLAKE2b-256	`55316b724d1ec845598aebeb7dc5d60b7b028ab593ea8a74f724f53fdc353ec7`

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