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Python中的概率编程:使用Aesara进行贝叶斯建模和概率机器学习

项目描述

PyMC logo

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PyMC(原名PyMC3)是一个专注于高级马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)和变分推断(VI)算法的贝叶斯统计建模Python包。其灵活性和可扩展性使其适用于大量问题。

查看PyMC概述,或使用Binder与实时示例交互!有关PyMC的问题,请访问我们的PyMC论坛

功能

  • 直观的模型指定语法,例如,x ~ N(0,1) 转换为 x = Normal('x',0,1)

  • 强大的采样算法,例如 无转弯采样器,允许具有数千个参数的复杂模型,无需对拟合算法有太多专业知识的了解。

  • 变分推理:用于快速近似后验估计的 ADVI 以及用于大型数据集的 mini-batch ADVI。

  • 依赖于 Aesara,它提供
    • 计算优化和动态 C 或 JAX 编译

    • NumPy 广播和高级索引

    • 线性代数运算符

    • 简单扩展性

  • 对缺失值插补的无缝支持

入门指南

如果您已经了解贝叶斯统计学

与 PyMC 一起学习贝叶斯统计学

音频和视频

安装

要在您的系统上安装 PyMC,请按照适当的安装指南中的说明进行操作。

引用 PyMC

请从以下选项中选择

  • DOIpaper 使用 PyMC3 进行 Python 中的概率编程,Salvatier J.,Wiecki T.V.,Fonnesbeck C.(2016)

  • DOIzenodo 所有版本的 DOI。

  • 特定版本的 DOI 显示在 Zenodo 和 发布 下。

联系

我们使用 discourse.pymc.io 作为我们的主要沟通渠道。您也可以关注我们的 Twitter @pymc_devs 以获取更新和其他公告。

要就建模或 PyMC 的使用提出问题,我们鼓励您在我们的 “问题”类别 下的 Discourse 论坛发布。您也可以在 “开发”类别 中提出功能建议。

如需报告 PyMC 的问题,请使用 问题跟踪器

最后,如果您需要了解有关项目的非技术信息,请发送电子邮件给我们

许可证

Apache 许可证,版本 2.0

使用 PyMC 的软件

通用

  • Bambi:Python 中的 BAyesian 模型构建接口(BAMBI)。

  • SunODE:快速常微分方程求解器,比 PyMC 内置的求解器快得多。

  • pymc-learn:基于 pymc3_models/scikit-learn API 的自定义 PyMC 模型。

  • fenics-pymc3:FEniCS 的可微分接口,FEniCS 是一个用于求解偏微分方程的库。

特定领域

  • Exoplanet:用于模拟系外行星和其它天体时间序列的凌星和/或径向速度观测的工具包。

  • NiPyMC:Python 中 fMRI 数据的贝叶斯混合效应建模。

  • beat:贝叶斯地震分析工具。

  • cell2location:通过整合单细胞和空间转录组学,全面映射组织细胞架构。

如果您的软件未在此列表中,请与我们联系。

引用 PyMC 的论文

请访问 Google Scholar 以查看持续更新的列表。

贡献者

请参阅 GitHub 贡献者页面。阅读我们的 行为准则 指南以获得更好的贡献体验。

支持

PyMC 是在 NumFOCUS 保护下的非营利项目。如果您想从财务上支持 PyMC,您可以在此处捐赠

专业咨询服务

您可以从 PyMC Labs 获得专业咨询服务。

赞助商

NumFOCUS

PyMCLabs

项目详情


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下载文件

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源代码分布

pymc-nightly-4.0.0b6.dev20220415.tar.gz (513.6 kB 查看哈希值)

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