PyloCluster

PyloCluster为Python中基于距离的聚类过程提供基本功能，包括邻接法和UPGMA算法的进化重建实现。

安装

$ pip install pylocluster

用法

以下示例需要python-newick包。

>>> from pylocluster import *
>>> from newick import loads
>>> matrix = squareform([0.5,0.67,0.8,0.2,0.4,0.7,0.6,0.8,0.8,0.3])
>>> nwk = linkage(matrix, taxa=['G', 'S', 'I', 'E', 'D'], method='upgma')
>>> print(loads(nwk).ascii_art())
        ┌─S
    ┌───┤
    │   └─I
────┤
    │   ┌─E
    └───┤
        │   ┌─G
        └───┤
            └─D