pylibjpeg-rle

"快速RLE解码器/编码器的Python绑定，重点在于作为pylibjpeg的插件使用"

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项目描述

适用于pylibjpeg（《PackBits》）的快速DICOM（RLE）插件，用Rust编写，并带有Python 3.7+包装器。

支持Linux、MacOS和Windows。

安装

安装当前版本

pip install pylibjpeg-rle

安装开发版本

请确保已安装Python、Git和Rust。对于Windows，您还需要安装Microsoft的C++构建工具。

git clone https://github.com/pydicom/pylibjpeg-rle
cd pylibjpeg-rle
python -m pip install .

支持的传输语法

UID	描述	解码	编码
1.2.840.10008.1.2.5	RLE无损	是	是

使用方法

解码

与pylibjpeg一起使用

from pydicom import dcmread
from pydicom.data import get_testdata_file

ds = dcmread(get_testdata_file("OBXXXX1A_rle.dcm"))
arr = ds.pixel_array

与pydicom独立使用

或者您可以使用包含的函数解码给定的数据集

from rle import pixel_array, generate_frames

# Return the entire Pixel Data as an ndarray
arr = pixel_array(ds)

# Generator function that only processes 1 frame at a time,
# may help reduce memory usage when dealing with large Pixel Data
for arr in generate_frames(ds):
    print(arr.shape)

编码

与pydicom独立使用

将未压缩的像素数据转换为RLE编码并保存

from pydicom import dcmread
from pydicom.data import get_testdata_file
from pydicom.uid import RLELossless

from rle import pixel_data

# Get the uncompressed pixel data
ds = dcmread(get_testdata_file("OBXXXX1A.dcm"))
arr = ds.pixel_array

# RLE encode and encapsulate `arr`
ds.PixelData = pixel_data(arr, ds)
# Set the correct *Transfer Syntax UID*
ds.file_meta.TransferSyntaxUID = RLELossless
ds.save_as('as_rle.dcm')

基准测试

解码

每次解码1000次的时间，pydicom默认的RLE处理程序与pylibjpeg-rle

数据集	像素	字节	pydicom	pylibjpeg-rle
OBXXXX1A_rle.dcm	480,000	480,000	4.89秒	0.79秒
OBXXXX1A_rle_2frame.dcm	960,000	960,000	9.89秒	1.65秒
SC_rgb_rle.dcm	10,000	30,000	0.20秒	0.15秒
SC_rgb_rle_2frame.dcm	20,000	60,000	0.32秒	0.18秒
MR_small_RLE.dcm	4,096	8,192	0.35秒	0.13秒
emri_small_RLE.dcm	40,960	81,920	1.13秒	0.28秒
SC_rgb_rle_16bit.dcm	10,000	60,000	0.33秒	0.17秒
SC_rgb_rle_16bit_2frame.dcm	20,000	120,000	0.56秒	0.21秒
rtdose_rle_1frame.dcm	100	400	0.12秒	0.13秒
rtdose_rle.dcm	1,500	6,000	0.53秒	0.26秒
SC_rgb_rle_32bit.dcm	10,000	120,000	0.56秒	0.19秒
SC_rgb_rle_32bit_2frame.dcm	20,000	240,000	1.03秒	0.28秒

编码

每次编码1000次的时间，pydicom默认的RLE处理程序与pylibjpeg-rle

数据集	像素	字节	pydicom	pylibjpeg-rle
OBXXXX1A.dcm	480,000	480,000	30.7秒	1.36秒
SC_rgb.dcm	10,000	30,000	1.80秒	0.09秒
MR_small.dcm	4,096	8,192	2.29秒	0.04秒
SC_rgb_16bit.dcm	10,000	60,000	3.57秒	0.17秒
rtdose_1frame.dcm	100	400	0.19秒	0.003秒
SC_rgb_32bit.dcm	10,000	120,000	7.20秒	0.33秒

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构建分布

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上传时间：2024年1月6日 CPython 3.12 macOS 10.12+ x86-64

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上传时间：2024年1月6日 CPython 3.11 Windows x86

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pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-none-win32.whl (134.1 kB 查看哈希值)

上传时间 2024年1月6日 CPython 3.9 Windows x86

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (1.1 MB 查看哈希值)

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pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl (1.1 MB 查看哈希值)

上传时间 2024年1月6日 CPython 3.9 manylinux: glibc 2.17+ ARM64

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl (249.4 kB 查看散列值)

上传于 2024年1月6日 CPython 3.9 macOS 11.0+ ARM64

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-macosx_10_12_x86_64.whl (252.9 kB 查看散列值)

上传于 2024年1月6日 CPython 3.9 macOS 10.12+ x86-64

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-none-win_amd64.whl (138.1 kB 查看散列值)

上传于 2024年1月6日 CPython 3.8 Windows x86-64

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-none-win32.whl (134.0 kB 查看散列值)

上传于 2024年1月6日 CPython 3.8 Windows x86

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl (1.1 MB 查看散列值)

上传于 2024年1月6日 CPython 3.8 manylinux: glibc 2.17+ x86-64

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl (1.1 MB 查看散列值)

上传于 2024年1月6日 CPython 3.8 manylinux: glibc 2.17+ ARM64

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl (249.0 kB 查看散列值)

上传于 2024年1月6日 CPython 3.8 macOS 11.0+ ARM64

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-macosx_10_12_x86_64.whl (252.7 kB 查看散列值)

上传于 2024年1月6日 CPython 3.8 macOS 10.12+ x86-64

pylibjpeg_rle-2.0.0.tar.gz的散列值

pylibjpeg_rle-2.0.0.tar.gz的散列值
算法	散列值
SHA256	`8ab064af408c0043dcd8ef1fbf1e490b3596065addd537c23623eaaba6fd8785`
MD5	`09b551956755793387316d578eba4f79`
BLAKE2b-256	`0ec8ad11b853b3abb55adf5393e4cfc36925a2f0f7191c50394286cf221acc92`

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-none-win_amd64.whl的散列值

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-none-win_amd64.whl的散列值
算法	散列值
SHA256	`969e529d945aff61ee3172f810954e5226cf75dceb27af132da1e3a7b18a42d0`
MD5	`fcb70fbd894d47b20ce73c037ea9d538`
BLAKE2b-256	`7ce5b7d7c5c65ce09f7fff730dd4ec925136c49aeaedda962e94f1f653fcbc5b`

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-none-win32.whl的散列值

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-none-win32.whl的散列值
算法	散列值
SHA256	`20bc5f5623379c98657ab3251cfe6beced6c38a297c7ad913ff3750ce8b64b09`
MD5	`8cfd59c3fda3230414b2d694bf1489fa`
BLAKE2b-256	`99eb0b1a4107c9b2e7090976f315329aee2cc3cbe0e9c41359258ed8ed1d7e5a`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`936cfa67b398549c17991b53f79fba7bc10a64fafd63861eed5ea14eee59d474`
MD5	`4cfb5538f5aff811b771af1f8be3a6ef`
BLAKE2b-256	`174d2e62a0b13871b7022be2f8f06f0470fa62594320871fb8ffb20da915cce4`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`be018cb337716b3b23ce8648eabf45224fedca43b5df7492eb212b2c36cc5ba1`
MD5	`390d058c3aec1013d5b2e9ec9d89b687`
BLAKE2b-256	`be77194075a714421622cc8e9f30575dc24bc3ba74489c230a8a4afde7a97ede`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`f8b3bda2f6fb9d74b025756cd9e6d09eec2292898ea58f56fea7a7db6578542c`
MD5	`34cce876f8307f5ffb3ef05b3618eb78`
BLAKE2b-256	`a5b26834d8baf34574ee92b2f44291c4122aff3871b2944efb31d933cdc84e42`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-cp312-macosx_10_12_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp312-cp312-macosx_10_12_x86_64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`cd31a93db079e580baa00345a8328a4397054d9193e12cebcc3f1e9df1c64feb`
MD5	`52df716b3896ab04a92ea5dbcbe86c42`
BLAKE2b-256	`9855fc4e5545d3755907bf6ba59b17d18d7bede14577b1bf2ace13cc5b2cb410`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-none-win_amd64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-none-win_amd64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`1ce536c314f277e980984bc1371d3c14e7d613b5f09ba1c68ff8861ce47587d0`
MD5	`c3c8207dd9ad4b8ebae8e4453cf98d21`
BLAKE2b-256	`fad805ef17910fd5bc296c1e1b08b78218cc43d1d7274ebd8c022f620c8fff8f`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-none-win32.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-none-win32.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`c44cc800f25255e37ef844531dfdc01ddb7d5b390a5637e12c692c8476fecffa`
MD5	`082812d41a09863e1d41d2ee650547ba`
BLAKE2b-256	`cdb7bf291d890c0a81a0165bd246d85ac09685d310a1eeb1d565ee7eb106164f`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`2752d91c9a46f86c5fc523156114e8fdda1be04a853199198c62aa9f7a8b8490`
MD5	`d984a456fc205e0f586db3de4d798b0f`
BLAKE2b-256	`e99aca6e40bdeeb73b548e207788621bbb60a9e2b15278411f2ed0c51db58f1b`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`8c8ea83490c74e4b35de0f8541303e94057d739f7b5c3b43456672e4924c6a9c`
MD5	`4559c0d155cea2e607fd54399b4ed414`
BLAKE2b-256	`088e2580058f5ecb201439978061942c761182552e10fce5f5cae5d02a469a5e`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`b2d54198e72c9403e3b6e5725c535035cb2719a9fdbb8963ef907d1e9ea9c97a`
MD5	`426c36055fb698accac6097e110c55e4`
BLAKE2b-256	`15bb158cf7fb19880940bbd1b57c0b644639aac5f444905c67dba1762faaab74`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-cp311-macosx_10_12_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp311-cp311-macosx_10_12_x86_64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`f283486e7a6cfddd013900e4c820dd83c669a472a3c6112e4873cf864bc42dc5`
MD5	`d7227ad826f045b584fd8f86c231386e`
BLAKE2b-256	`331da57bb7504572aa82de4c29b98ca283fd4b367e3fe9e86557a661c3c6ac51`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-none-win_amd64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-none-win_amd64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`01d3065fbcde2aca5b6e1fa0b2fa908933741e040e34d29f13d922e236031e2a`
MD5	`d0669bcee651b9b70480dce10fbf80a3`
BLAKE2b-256	`0f49d5ccaeac412b27b00bf05d9c7675c7c8fbc349173d861f77b43e129da473`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-none-win32.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-none-win32.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`19d73298476a38f7cb347efcf5a7018425c8cfa6d1f16c310ee197c681e66628`
MD5	`6bb9ded96ab61d0ead38f4eb96395bd3`
BLAKE2b-256	`56bbfefa7496aa9b47627fd973ff32cdc7f372851e6364787accf3f5315ba3ae`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`088a13d9e456e78c65afa5b76dd7b6ce90cbcde41d30b99dbfa38e81f0da3ff7`
MD5	`1ecb9e5fb8f9e193d48a728bc5e2361b`
BLAKE2b-256	`a0ed8cab56b4bffcbfe29cec551e324510954df13fe58cdf68256393166b6aa5`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`38c32b4a2fc43273c8aca9941287165b8bef8f41eb9541708073ad49e16ec681`
MD5	`51f6c2f67f244471b6eb444ed53fba9e`
BLAKE2b-256	`0b01e024bbf5d64c12f7352e085df5978b4b729129dabc893186bd8c204ec094`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`931bcf06fc4030b477384624c8040fb32294d5f688981bf7961562639ad4d327`
MD5	`ec103f8f6b5bcb8ebf437c90334a8da5`
BLAKE2b-256	`03e988741c9f165d081e07138bcc4de3bb7e12d09843e105b2b4975b8b0aaed4`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-cp310-macosx_10_12_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp310-cp310-macosx_10_12_x86_64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`a423f3a4b57d9fbafb09c731f42e06e8f7628fcb8f9ab8cee93ca111b8664c6f`
MD5	`492facfa4f83fcc56bb307870a14923e`
BLAKE2b-256	`cd4cdb0f58a94550bc3f1e0726d7784806e4bc3791b3a3a6f4354e2331f7601a`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-none-win_amd64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-none-win_amd64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`359ca0b0dda6cafa620d771b8263cb486f55e08db29e6823c39caa7e50212864`
MD5	`e03f2a0255ea4ab9e437445020dc3b0e`
BLAKE2b-256	`ac97f3466f001660d1c7228a91bb1053360fa6d6b132c57a46bfc8074d30f1a0`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-none-win32.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-none-win32.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`a1c0a8ccf1de7fdd67e5aad49c6c5fbcb0e21f6d5da1397e82335049a43869e5`
MD5	`078900bbd032dfe85521b1f3f1ac120c`
BLAKE2b-256	`348dbf3a79e23863cea35d16d612ccd2e0e3254713dc06bcd8b3118a773c1d16`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`44c297414b32b998b4f61261cb6e851a93b384b88294adc1d354d611247a08a3`
MD5	`8430ca9890f052a96ff66f7473e89127`
BLAKE2b-256	`bf510b840cd12c73746b273d6fe3de2ac4b3ccbbd1acfe3ba9aa81ef5f4edbd5`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`6f3bd6b69928fc16d655f5f7f0e69144c78b0f9d8bb81940614a6b67d0bec34f`
MD5	`bdafcc4de250ecf3049db97694ee8dd1`
BLAKE2b-256	`68ef865342ff88d1c3245361813ed136fbf692379afa8ac0096c99f041d7689e`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`11089f7d0179b185a0c45e2bca2d69f9164cc57da3bc0468ad20a45abbcdf75c`
MD5	`873da07e05aafc90272da00acb868ec0`
BLAKE2b-256	`18fd69a03a8a3b6c3da1a7ba123cb1cc123dc0a02e0865214408be003379252a`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-macosx_10_12_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp39-cp39-macosx_10_12_x86_64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`750112bbd5020373dfe96f7e8ab7924bdd3353e9145b615ff26cdd270e864f5a`
MD5	`e268c6f7e712fb317d115aaa0e95e9ae`
BLAKE2b-256	`bdda9ed894ad0b13e65aa3ec1fbfe53c392f45bdf23b1f35f125b6839a85e42e`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-none-win_amd64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-none-win_amd64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`6dee0ead0b08d48e530ed90ba6819b21febc98e5c692f4397030792c546113fe`
MD5	`46f492424d74bed731d3c53e703c0ab9`
BLAKE2b-256	`93f58cc922e33cb446ff74d5218b11451c76d8e8935cc590516c54822ac72828`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-none-win32.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-none-win32.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`70b04dd440666c83cf5f29d01731bb26c7546c05b00a69d673d40fd6cfd3762e`
MD5	`79ab247c4e43a77dfc0f29b254b92d68`
BLAKE2b-256	`4aa9eda94c3b8630b6ae1504a9c12be56f51a9992ca32e935841e1f467861ed9`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`9d370be03b59bf508f071583539797f2f8f431e75f603f7aafd531bb1cff89d2`
MD5	`8f67e49d5bfa92c5a9a9bcf835c01be6`
BLAKE2b-256	`6409d9982e8ecaa5d6714be6a2cd08903f9258c2c98a9158d70dc32c4d617165`

哈希值用于 pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	散列值
SHA256	`0af6d865b4ee29204e748c7b2bd41c7384a73b89d2519ee77f2efcdb9d1cae27`
MD5	`字符串d2792a5aaae9f6e407388ad316eba85b`
BLAKE2b-256	`字符串14f4ca5415bfaf28a5fe528624dcda6d0a68030b26e0efc36375c348ee4eb8c1`

哈希值 for pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl的哈希值
算法	散列值
SHA256	`字符串012935485c527fcde929c234e859f3398d2b5c5ee41aaaa9ef5fefa78b331bcf`
MD5	`字符串44d636ad1d72b1d90555757f4ec73a58`
BLAKE2b-256	`字符串f307627a19fc96602026c05361a652cb2ecb92f6b486b6259d8fe46f14e998e1`

哈希值 for pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-macosx_10_12_x86_64.whl

pylibjpeg_rle-2.0.0-cp38-cp38-macosx_10_12_x86_64.whl的哈希值
算法	散列值
SHA256	`字符串3a06ff1ad3144daa78af2f80c811a25c9db185fd22b5830e9649b41b839db9d1`
MD5	`字符串cce1681dc2bc7e9b29cb60ac346c428b`
BLAKE2b-256	`字符串83940d68cae361ea09a060e986e3531e864cd9ac555412e4aa77e77dbab56c0f`

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