pyiron_lammps

免责声明

The pyiron_lammps package is under development.

想法

• 《pyiron_lammps》软件包旨在计算与浓度相关的材料属性，如弹性常数、能量-体积曲线和原子间势的声子。
• 它使用mpi4py进行并行执行，不向文件系统写入任何文件，也不使用任何数据库。这种组合使得它在评估原子间势材料属性时比竞争软件包快一个数量级。
• 与所有其他pyiron_*软件包不同，pyiron_lammps不依赖于pyiron_base。总体而言，依赖项的设计旨在保持最小。

示例

import pyiron_lammps as pyr

# Generate SQS Structure
structure = pyr.generate_sqs_structure(
    structure_template=pyr.get_ase_bulk("Al", cubic=True).repeat([3,3,3]), 
    element_lst=["Fe", "Ni", "Cr", "Co", "Cu"], 
    count_lst=[22, 22, 22, 21, 21]
)[0]

# Select Potential
potential = '2021--Deluigi-O-R--Fe-Ni-Cr-Co-Cu--LAMMPS--ipr1'
df_pot = pyr.get_potential_dataframe(
    structure=structure, 
    resource_path="/Users/janssen/mambaforge/share/iprpy"
)
df_pot_selected = df_pot[df_pot.Name==potential].iloc[0]

# Optimize Structure
structure_opt = pyr.optimize_structure(
    structure=structure, 
    potential_dataframe=df_pot_selected
)

# Calculate Elastic Constants
elastic_matrix = pyr.calculate_elastic_constants(
    structure=structure_opt, 
    potential_dataframe=df_pot_selected, 
    num_of_point=5, 
    eps_range=0.005, 
    sqrt_eta=True, 
    fit_order=2
)
print(elastic_matrix)

功能

• generate_sqs_structure - 使用sqsgenerator生成SQS结构。
• get_ase_bulk - 创建一个ase.build.bulk结构。
• get_lammps_engine - 创建一个LAMMPS实例，这些实例可以在多个串行计算之间共享。
• get_potential_dataframe - 从NIST数据库加载适合所选原子结构的合适原子间势的数据框。
• optimize_structure - 优化给定结构的cell和positions，同时保持细胞形状。
• calculate_elastic_constants - 计算弹性常数。
• calculate_elastic_constants_with_minimization - 将结构优化和弹性常数的计算相结合。
• optimize_structure_parallel - 优化具有相同原子间势的所有原子结构的列表。
• calculate_elastic_constants_parallel - 计算一组原子结构的弹性常数。
• calculate_elastic_constants_with_minimization_parallel - 将结构优化和一组原子结构的弹性常数的计算相结合。

许可证和致谢

pyiron_lammps采用BSD许可证。

如果您在科学工作中使用了pyiron，请考虑引用此文献

@article{pyiron-paper,
    title = {pyiron: An integrated development environment for computational materials science},
    journal = {Computational Materials Science},
    volume = {163},
    pages = {24 - 36},
    year = {2019},
    issn = {0927-0256},
    doi = {https://doi.org/10.1016/j.commatsci.2018.07.043},
    url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0927025618304786},
    author = {Jan Janssen and Sudarsan Surendralal and Yury Lysogorskiy and Mira Todorova and Tilmann Hickel and Ralf Drautz and Jörg Neugebauer},
    keywords = {Modelling workflow, Integrated development environment, Complex simulation protocols},
}