一个接口，用于访问包括但不限于GPAW、LAMMPS、S/Phi/nX和VASP的原子模拟代码。
项目描述
pyiron_atomistics
pyiron - 计算材料科学的集成开发环境 (IDE)。它将多个工具集成到一个公共平台中
- 原子结构对象 - 兼容于 原子模拟环境 (ASE)。
- 原子模拟代码 - 如 LAMMPS 和 VASP。
- 反馈循环 - 构建动态模拟生命周期。
- 分层数据管理 - 与 SQL 和 HDF5 等存储资源接口。
- 集成可视化 - 基于 NGLview。
- 交互式模拟协议 - 基于 Jupyter notebooks。
- 面向对象作业管理 - 用于将复杂模拟协议从单个作业扩展到高通量模拟。
pyiron（称为pyron）是在 计算材料设计部门（由 Joerg Neugebauer）的 Max Planck Institut für Eisenforschung (Max Planck Institute for iron research) 开发的。虽然其原始重点是提供框架以开发运行复杂的模拟协议，但这些协议需要用于第一性原理热力学，但它很快演变成一个多功能的工具，用于管理广泛的模拟任务。2016年，《a href="http://www.icams.de" rel="nofollow">跨学科高级材料模拟中心（ICAMS）加入了框架的开发，重点在于高通量应用。2018年，pyiron作为开源项目发布。
pyiron_atomistics：这是pyiron基本基础设施模块的文档页面。如果您是pyiron的新用户并希望获得概述，请访问pyiron。如果您正在寻找pyiron_base的API文档，请查看pyiron_base。
探索pyiron_atomistics
我们提供各种选项来安装、探索和运行pyiron_atomistics
- 工作站安装（推荐）：适用于Windows、Linux或Mac OS X工作站（本地VASP可执行文件接口，支持基于最新jupyterlab的GUI）
- Mybinder.org（测试版）：直接在浏览器中测试pyiron（无VASP许可，无可视化，仅临时数据存储）
- Docker（用于演示）：需要安装Docker（无VASP许可，仅临时数据存储）
加入开发
如果您有兴趣使用pyiron，请与我们联系
- 来将您的模拟代码或方法与pyiron接口
- 实现基于原子代码的高通量方法
- 了解材料科学中的方法开发和大数据。
请参阅pyiron_atomistics的贡献指南。
引用
如果您在研究中使用pyiron，请考虑引用以下工作
@article{pyiron-paper,
title = {pyiron: An integrated development environment for computational materials science},
journal = {Computational Materials Science},
volume = {163},
pages = {24 - 36},
year = {2019},
issn = {0927-0256},
doi = {https://doi.org/10.1016/j.commatsci.2018.07.043},
url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0927025618304786},
author = {Jan Janssen and Sudarsan Surendralal and Yury Lysogorskiy and Mira Todorova and Tilmann Hickel and Ralf Drautz and Jörg Neugebauer},
keywords = {Modelling workflow, Integrated development environment, Complex simulation protocols},
}
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源分布
pyiron_atomistics-0.6.13.tar.gz (317.7 kB 查看哈希值)
构建分布
pyiron_atomistics-0.6.13-py3-none-any.whl (382.2 kB 查看哈希值)