pygenesig 0.2.2

入门

请参阅文档，特别是以下部分：

• 准备数据

• 创建特征和

• 测试特征.

如果您想实现创建和测试特征的自定义方法，请参阅

• 开发者指南和

• API文档.

安装

您需要在系统上安装Python 3.7或更高版本。创建或测试特征的一些方法还需要R。如果您还没有安装Python，我们建议安装Miniforge。

安装pygenesig有几种替代方案

1. 在自包含的conda环境中安装pygenesig

   这是使R和Python都可靠工作的最佳选项。请确保您已按照Bioconda文档中所述设置了`conda-forge`和`bioconda`通道以及正确的优先级。

   # use `mamba` instead of `conda` for more speed
   mamba create -n pygenesig python=3.8 pip bioconductor-edger bioconductor-bioqc
   conda activate pygenesig
   pip install pygenesig

2. 通过pip和R包手动安装pygenesig

   pip install pygenesig

   然后在R中

   install.packages("BiocManager")
   BiocManager::install(c("edgeR", "BioQC"))

   通常，如果R在您的PATH中，rpy2将自动检测您的R安装。如果导入pygensig时出现错误消息，请在导入pygenesig之前尝试设置R_HOME环境变量

   import os
   os.environ["R_HOME"] = "/usr/lib/R"
   import pygenesig

3. 从GitHub安装最新开发版本

   pip install git+https://github.com/grst/pygenesig.git@master

   您需要分别安装上述描述的R包。

发行说明

请参阅发行部分。

联系方式

请使用问题跟踪器。