GBIF的Python客户端
项目描述
pygbif
GBIF API的Python客户端
其他GBIF客户端
R: rgbif, ropensci/rgbif
Ruby: gbifrb, sckott/gbifrb
PHP: php-gbif, restelae/php-gbif
贡献: CONTRIBUTING.md
安装
从pypi稳定版本
pip install pygbif
开发版本
[sudo] pip install git+git://github.com/gbif/pygbif.git#egg=pygbif
pygbif被分为针对API方法的主要组的模块。
注册 - 数据集、节点、安装、网络、组织
物种 - 分类学名称
出现次数 - 出现数据,包括下载API
地图 - 获取来自GBIF的栅格地图,格式为png或mvt
您可以选择导入整个库,或根据需要单独导入每个模块。
此外,还有一个utils模块,目前包含一个方法:wkt_rewind,以及一个用于管理是否缓存HTTP请求的caching方法。请参阅?pygbif.caching。
注册模块
注册模块API
组织机构
节点
网络
安装
数据集
数据集度量
数据集建议
数据集搜索
示例用法
from pygbif import registry
registry.dataset_metrics(uuid='3f8a1297-3259-4700-91fc-acc4170b27ce')
物种模块
物种模块API
name_backbone
name_suggest
name_usage
name_lookup
name_parser
示例用法
from pygbif import species
species.name_suggest(q='Puma concolor')
出现次数模块
注册模块API
搜索
获取
获取原始数据
获取片段
计数
基于记录的计数
按年份计数
按数据集计数
按国家计数
按模式计数
按出版国家计数
下载
下载元数据
下载列表
下载获取
示例用法
from pygbif import occurrences as occ
occ.search(taxonKey = 3329049)
occ.get(key = 252408386)
occ.count(isGeoreferenced = True)
occ.download('basisOfRecord = PRESERVED_SPECIMEN')
occ.download('taxonKey = 3119195')
occ.download('decimalLatitude > 50')
occ.download_list(user = "sckott", limit = 5)
occ.download_meta(key = "0000099-140929101555934")
occ.download_get("0000066-140928181241064")
地图模块
地图模块API
地图
示例用法
from pygbif import maps
out = maps.map(taxonKey = 212, year = 1998, bin = "hex",
hexPerTile = 30, style = "classic-noborder.poly")
out.response
out.path
out.img
out.plot()
utils模块
utils模块API
wkt_rewind
示例用法
from pygbif import utils
x = 'POLYGON((144.6 13.2, 144.6 13.6, 144.9 13.6, 144.9 13.2, 144.6 13.2))'
utils.wkt_rewind(x)
贡献者
元数据
变更日志
0.6.4 (2024-03-12)
修复了使用readthedocs构建文档时的一个错误(编号138,编号129)
测试现在针对实时GBIF API运行(编号101,编号128)
更新了caching.py,因为remove_expired_responses方法已弃用(编号126)
0.6.3 (2023-05-25)
增加了对谓词的支持:isNull,isNotNull,in和not(编号92,编号102和编号103)
增加了对嵌套查询/字典的支持(编号104)
弃用了add_predicate函数,并添加了add_pred_dict以适应新支持的谓词,以确保在payload函数中添加的参数是正确的(编号108)
增加了对多种下载格式的支持(编号105)
更新了操作符和查找表(编号107)
包括对新支持的谓词和字典的文档(编号106)
0.6.2 (2023-01-24)
更新以修复请求GBIF下载的问题
较小的文档更新(编号95和编号99)
0.6.1 (2022-06-23)
更新以修复损坏的依赖关系(编号93)
较小的文档更新
0.6.0 (2021-07-08)
修复了在以字符串形式提供几何形状而不是使用add_geometry时,对occurrences.download的修复;谓词在空白处被分割,这在WKT中不起作用(编号81,编号84)
将使用logging模块而不是print()来提供有关出现下载方法的信息(编号78)
明确指出,occurrences.count对于长度为1的输入;有关> 1个值的输入,请参阅occurrences.search(编号75,编号77)
改进了species.name_usage方法的文档,主要针对language参数(编号68)
Gains下载方法download_cancel用于取消/删除下载请求(编号59)
0.5.0 (2020-09-29)
occurrences.search现在支持recordedByID和identifiedByID搜索参数(编号62)
清理了贡献者文件,感谢@niconoe(编号64)
清理了库中的内部导入,感谢@niconoe(编号65)
修复了is和==的使用,有时使用不当(通过https://realpython.com/python-is-identity-vs-equality/),(编号69)
删除了文档字符串中的冗余参数,感谢@faroit(编号71)
使内部函数gbif_GET_write的测试更通用,以避免GBIF略微更改内容类型响应标头时出错(编号72)
0.4.0 (2019-11-20)
将所有请求的基本URL更改为https;在之前的版本中,地图和下载已经是https
出现、物种和注册模块为每个方法添加了文档字符串,简要总结了每个方法
pygbif现在具有缓存HTTP请求的功能。默认情况下,缓存是关闭的。有关所有详细信息,请参阅 ?pygbif.caching (52 56),通过 @nleguillarme 实现
在文档中注明,如果您试图获得与GBIF网站相同的名称搜索行为,则 species.name_backbone 可能是您想要的 55 感谢 @qgroom
对于期望布尔值的参数,在执行HTTP请求之前,将其转换为小写字符串
0.3.0 (2019-01-25)
pygbif现在只支持Python 3 19
添加了地图模块,其中包含用于处理GBIF地图API的 maps.map 方法 41 49
添加了新的模块 utils,其中包含一个方法 wkt_rewind 46 感谢 @aubreymoore 的灵感
修复了 registry.installations 中的错误:一个参数的拼写错误,将 identifierTyp 误写为 identifierType 48 感谢 @data-biodiversity-aq
从Changelog链接到GitHub问题 🎉
修复了出现下载测试 47
文档更加详尽 25
0.2.0 (2016-10-18)
下载方法得到很大改进 16 27 感谢 @jlegind @stijnvanhoey @peterdesmet !
在 geometry 参数中现在支持 MULTIPOLYGON 35
修复了 occurrences.get、occurrences.get_verbatim、occurrences.get_fragment 和使用已不再存在于GBIF中的出现密钥的演示的文档 39
向 registry 模块添加了 organizations 方法 12
添加了数据集方法的其余部分:包括分面支持的 registry.dataset_search 和 registry.dataset_suggest,分别对应于 /dataset/search 和 /dataset/suggest 路径 40
添加了物种方法的其余部分:包括分面支持的 species.name_lookup 和 species.name_usage,分别对应于 /species/search 和 /species 路径 18
添加更多测试以覆盖新方法
将 species.name_suggest 更改为返回来自GBIF的数据结构。我们曾经解析分类数据,但现在为了简单和速度,将其留给用户。
species.name_suggest、occurrences.download_list、registry.organizations、registry.nodes、registry.networks 和 registry.installations 中的 start 参数已更改为 offset,以匹配GBIF API并匹配 pygbif 其余部分的用法
0.1.5.4 (2016-10-01)
添加了更多 occurrence.search 参数,包括 repatriated、kingdomKey、phylumKey、classKey、orderKey、familyKey、genusKey、subgenusKey、establishmentMeans、facet、facetMincount、facetMultiselect,以及通过 **kwargs 支持分面分页 30 34
修复了 occurrence.search 中的 **kwargs,以便正确解析分面参数并正确收集 requests GET请求选项 36
向 occurrence.search 添加了 spellCheck 参数,与 q 参数一起使用,可选地对全文搜索进行拼写检查 31
0.1.4 (2016-06-04)
在文档中添加了变量类型
将 occurrences.search 方法的默认 limit 值更改为300
tox 现在包含在内,通过 @xrotwang 20
添加了更多注册方法 11
开始实现出现下载方法 16
添加了更多名称方法 18
现在所有请求都通过 requests 和 pygbif 版本发送用户代理头 13
修复了 occurrences.download_get 的错误 23
修复了 occurrences.get 中的错误示例 22
修复了通用轮子以支持2和3 10
大幅改进了文档,自动文档方法现在
0.1.1 (2015-11-03)
修复了pypi的发行版
0.1.0 (2015-11-02)
首次发布
项目详情
下载文件
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源分发
构建分发
pygbif-0.6.4.tar.gz 的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 92abe83814ec348649710a97f8f5130410dd6fae71d879ff24c7c81f54c38ab7 |
|
MD5 | c1b02b7599eb63d9eb4a0beffab01644 |
|
BLAKE2b-256 | 4a209d6d02ed8ea74bd6546f79e9ec9f323c1b5eee87df86ee505627127ffcd2 |
pygbif-0.6.4-py3-none-any.whl 的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | e687a9520523ce908a700e8169e32383a0db27b50dc4b6c277bb0bc7fb8835df |
|
MD5 | 2b3aaaa214bc34b9ca43b69632fe138c |
|
BLAKE2b-256 | 44d6f44d144470cc999360dfe06f7dd29ad7b500ae41758e106a8b6e28087acb |