EQeq

晶体结构的电荷均衡方法。

修改版本，允许指定附加参数

• lambda（默认：1.2）介电屏蔽参数。对应于 eps_eff = 1.67
• hI0（默认：-2.0）氢的电子亲和力
• chargePrecision（默认：3）用于点电荷的数字位数
• method（默认：“ewald”，备选：“nonperiodic”）计算库仑相互作用的算法
• mR（默认：2）在周期性计算中考虑的“扩展”单元细胞数（“实际空间”）。2 => 5x5x5
• mK（默认：2）在周期性计算中考虑的“扩展”单元细胞数（“频率空间”）。2 => 5x5x5
• eta（默认：50）Ewald分裂参数
• ionizationdata（默认：ionizationdata.dat）包含电离势和电子亲和力的文件。默认数据是EA：实验值，T.Andersen等人，1999年 IP：实验值，C.E.Moore，1970年
• chargecenters（默认：chargecenters.dat）包含常见氧化态（如果缺失ionizationdata则降低）的文件

安装

pip install pyeqeq

使用

命令行界面

运行HKUST-1示例

eqeq examples/HKUST1/HKUST1.cif -o examples/HKUST1/HKUST1_w_charge.cif

Python接口

from pyeqeq import run_on_cif
run_on_cif("examples/HKUST1/HKUST1.cif")

摘要

本程序中的源代码演示了随附论文中描述的电荷平衡方法。提供的源代码旨在简洁实用，仅执行描述中的“任务”。在实际应用中，您可能需要根据项目需求添加各种功能。

程序的主要亮点

• 在不迭代的情况下获取周期性系统中原子的电荷
• 可以使用非中性电荷中心以获得更准确的点电荷
• 设计用于速度（但未进行显著的代码优化）

未实现但您可能希望考虑添加的功能

• 球形截止（用于实空间和倒空间求和）
• 迭代循环猜测适当的电荷中心（因此用户无需猜测）
• Wald参数自动优化
• 各种代码优化

作者

原始实现由Christopher E. Wilmer，Randall Q. Snurr（导师），Hansung Kim（汽车输出），Patrick Fuller（流式传输功能），Louis Knapp（json输出）完成。 由Daniele Ongari更新。.