PyEMMA：Emma的马尔可夫模型算法
项目描述
这是什么？
PyEMMA（EMMA = Emma的马尔可夫模型算法）是一个开源的Python/C软件包，用于分析大量的分子动力学模拟。特别是，它包括以下算法：
聚类和特征化
马尔可夫状态模型（MSM）
隐马尔可夫模型（HMM）
多集合马尔可夫模型（MEMM）
时间滞后独立成分分析（TICA）
转换路径理论（TPT）
PyEMMA可以从Jupyter（前IPython，推荐）或通过编写Python脚本来使用。文档可以在http://pyemma.org找到。
引用
如果您在科学工作中使用PyEMMA，请引用以下文献：
M. K. Scherer, B. Trendelkamp-Schroer, F. Paul, G. Pérez-Hernández, M. Hoffmann, N. Plattner, C. Wehmeyer, J.-H. Prinz 和 F. Noé: PyEMMA 2: 一种用于估计、验证和分析马尔可夫模型的软件包，J. Chem. Theory Comput. 11, 5525-5542 (2015)
安装
如果您想在Linux或OSX上使用Miniconda，可以运行以下脚本以下载和安装所有内容
curl -s https://raw.githubusercontent.com/markovmodel/PyEMMA/devel/install_miniconda%2Bpyemma.sh | bash
如果您已安装Anaconda/Miniconda，请使用以下方法
conda install -c conda-forge pyemma
使用pip
pip install pyemma
或者使用pip安装最新开发分支
pip install git+https://github.com/markovmodel/PyEMMA.git@devel
有关安装的完整指南，请查看在线版本 http://www.emma-project.org/latest/INSTALL.html 或离线版本在文件 doc/source/INSTALL.rst 中
要离线构建文档，您应该使用以下命令安装要求
pip install -r requirements-build-doc.txt
然后使用make构建
cd doc; make html
支持和开发
有关错误报告/建议/投诉，请请在 GitHub 上提交问题。
或者在我们的邮件列表上开始讨论：pyemma-users@lists.fu-berlin.de
外部库
mdtraj (LGPLv3): https://mdtraj.org
thermotools (LGLPv3): http://github.com/markovmodel/thermotools
pyEMMA-2.5.12.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 0916b33151c7a3e945b3810cf660eb13bb371718355cced808f510aef7da275d |
|
| MD5 | c7109d1990344bf9e69e1815bf8b40e9 |
|
| BLAKE2b-256 | fbf27bb51bcfad7bd49ab6f86c597fff4ac9a7143dd906e5ed707d9922a7be51 |
