pyedr 0.8.0

Pyedr

Pyedr提供了一种读取Gromacs EDR二进制XDR文件并将其内容作为numpy数组字典返回的方法。Pyedr公开以下函数

• edr_to_dict：从给定的EDR文件路径返回键为能量类型的numpy数组字典。

• read_edr：解析EDR文件，并以嵌套列表的形式返回能量项

• get_unit_dictionary：返回一个字典，其中包含在EDR文件中找到的每个能量项的单位。

Panedr

Panedr使用Pyedr库读取Gromacs EDR二进制能量XDR文件，并将其内容作为pandas数据框返回。Panedr公开以下功能

• edr_to_df：获取EDR文件的路径并返回一个pandas数据框。

• get_unit_dictionary：返回一个字典，其中包含在EDR文件中找到的每个能量项的单位。

示例

使用pyedr

import pyedr

# Read the EDR file
path = 'ener.edr'
dic = pyedr.edr_to_dict(path)

# The `verbose` optional parameter can be set to True to display the
# progress on stderr
dic = pyedr.edr_to_dict(path, verbose=True)

# Get the average pressure after the first 10 ns
pressure_avg = dic['Pressure'][dic['Time'] > 10000].mean()

# Get the units of the EDR entries
unit_dict = pyedr.get_unit_dictionary(path)
unit_dict["Temperature"]  # returns "K"

使用panedr

import panedr

# Read the EDR file
path = 'ener.edr'
df = panedr.edr_to_df(path)

# The `verbose` optional parameter can be set to True to display the
# progress on stderr
df = panedr.edr_to_df(path, verbose=True)

# Get the average pressure after the first 10 ns
pressure_avg = df['Pressure'][df['Time'] > 10000].mean()

# Get the units of the EDR entries
unit_dict = panedr.get_unit_dictionary(path)
unit_dict["Temperature"]  # returns "K"

安装

您可以使用pip安装pyedr和panedr

pip install pyedr

# installing panedr automatically installs pyedr
pip install panedr

如果您使用conda和conda-forge，可以使用以下命令安装

conda install -c conda-forge pyedr

# install panedr automatically installs pyedr
conda install -c conda-forge panedr

测试

pyedr和panedr存储库包含一系列测试。如果您从存储库下载或克隆了代码，您可以运行测试。为此，安装pytest，然后在panedr源代码目录中运行

对于pyedr

pytest -v pyedr/pyedr/tests

对于panedr

pytest -v panedr/panedr/tests

许可协议

Pyedr和Panedr将Gromacs的部分源代码翻译成Python。因此，Panedr与Gromacs一样，采用GNU Lesser General Public License版本2.1进行分发。有关更多详细信息，请参阅许可证。