Pydra Dcm2Niix Task

此存储库包含Pydra任务接口，用于dcm2niix DICOM到NIfTI转换工具（https://github.com/rordenlab/dcm2niix）。

此工作的部分目的是建立一种（主要）声明性语言，用于描述具有复杂规则的任务，这些规则用于确定输入选项的可用性和名称。

安装

pip install /path/to/pydra-dcm2niix/

开发人员安装

pip install -e /path/to/pydra-dcm2niix/[dev]

基本用法

运行dcm2niix任务

from pydra.tasks.dcm2niix import Dcm2Niix

task = Dcm2Niix(in_dir='/path/to/dicom/dir', out_dir='/path/to/create/nifti/output')
result = task()

然而，转换任务接口通常用作Pydra工作流中的第一步

from pydra import Workflow
from pydra.tasks.dcm2niix import Dcm2Niix

my_workflow = Workflow(name='my_workflow', input_spec=['in_dicom'])

my_workflow.add(
    Dcm2Niix(name='converter', in_dir=my_workflow.lzin.in_dicom, out_dir='.'))
my_workflow.add(...)

my_workflow()