afni的Pydra任务包
项目描述
此包包含一组用于afni工具包的Pydra任务接口。此集合的基础是通过使用Nipype2Pydra工具对现有Nipype接口进行半自动转换而形成的。
自动生成与手动整理的任务
自动生成的任务可以在pydra.tasks.afni.auto包中找到。这些包应谨慎处理，因为它们可能未通过测试。经过编辑并通过测试的生成任务被导入一个或多个pydra.tasks.afni.v*包中，对应于它们为afni工具包设计的版本。
测试
此包附带一系列自动生成的测试模块。要安装运行测试所需的依赖项
$ pip install -e .[test]然后可以使用以下方式启动测试，包括doctests <https://docs.pythonlang.cn/3/library/doctest.html>`__
$ pytest --doctest-modules pydra/tasks/*默认情况下，测试设置在10秒后超时，之后假定底层工具已完成验证/初始化阶段，我们假设它将运行到完成。要禁用此功能并运行测试到完成，请运行
$ pytest --doctest-modules --timeout-pass 0 pydra/tasks/*持续集成
本模板使用 GitHub Actions https://githubdocs.cn/en/actions/ 来运行测试并将软件包部署到 PYPI。当在 GitHub 上创建新版本或 Nipype 或 Nipype2Pydra 转换工具发布新版本时，将构建和上传新软件包。由 Nipype 或 Nipype2Pydra 更新触发的版本，其版本号后缀为 postN，其中 N = <nipype-version><nipype2pydra-version>（去除点号），例如 v0.2.3post185010 对应于本存储库的 v0.2.3 标签，使用 Nipype2Pydra 0.1.0 从 Nipype 1.8.5 自动生成的软件包。
为该软件包做出贡献
开发者安装
从源目录安装存储库以开发者模式，并安装 pre-commit 以确保代码风格和质量的一致性。
$ pip install -e .[test,dev]
$ pre-commit install接下来，安装运行自动转换脚本的需求，并从其 Nipype 对应物生成 Pydra 任务接口
$ pip install -r nipype-auto-conv/requirements.txt运行转换脚本以将 Nipype 接口转换为 Pydra
$ nipype-auto-conv/generate## 方法论
本软件包的开发预计将分为两个阶段
其中，相应的 Nipype 接口被认为是基准，Pydra 任务由此生成
当 Pydra 任务被认为是成熟且手动编辑时
不同的任务可能在不同的时间成熟，因此可能存在一个介于 1 和 2 之间的中间阶段。
自动转换阶段
自动转换的 Pydra 任务是从其对应的 Nipype 接口生成的，结合位于 nipype-auto-conv/specs/ 的 YAML 规范中包含的“转换提示”。应手动编辑自述文档的转换规范，以帮助自动转换器生成有效的 Pydra 任务。编辑一个或多个转换规范后，应通过运行以下命令重新生成 pydra.tasks.afni.auto 包
$ nipype-auto-conv/generate应在自动生成的任务上运行测试以检查它们是否有效
$ pytest --doctest-modules pydra/tasks/afni/auto/tests/test_<the-name-of-the-task-you-edited>.py如果测试通过，则应编辑 pydra/tasks/afni/v<工具版本>/__init__.py 文件，导入现在有效的任务接口，以表示它已通过验证并准备使用，例如
键入和样本测试数据
自动生成的测试将尝试根据字段的类型及其任何约束，向要测试的任务实例提供合理的默认值。然而，在查阅底层工具的文档后，通常需要手动覆盖这些值。
对于基于文件的数据，将自动创建所选格式类型的文件系统对象，例如 Nifti、Dicom。因此，在 YAML 规范的“inputs > types”和“outputs > types”字典中，使用对应于 fileformats 类的“mime-like”字符串指定文件的格式很重要。
如果所需的文件类型未在 fileformats 中实现，请参阅 fileformats 文档 了解如何定义新的文件格式类型，并查看 fileformats-medimage-extras 了解如何实现为它们生成示例数据的方法的示例。
下载文件
下载适合您平台文件的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于 安装软件包 的信息。
源分发
构建版本
pydra_afni-0.3.2.tar.gz的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9d2cffa916eaf934adfa5c6606fd53fabeb7ff71d8f380c28eb98f1cab0a1e17 |
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| MD5 | a71f7287c1ee1cc03658653b22b4a503 |
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| BLAKE2b-256 | dc124e86cd7d5ebc9c72f05233ce6902683b8ca78d897195fd6ac2b47e13fb1b |
pydra_afni-0.3.2-py3-none-any.whl的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a1fed24951d6aa8d4a628d1af6a3d4d415854a85d287201bd37f6173986bbc81 |
|
| MD5 | 5d609be2545b3b3cf214fb035e250b1c |
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| BLAKE2b-256 | 4428a4e9ffb290e4601f16fe4feb0a7b1fa88b2827b06269248367402365119d |
