DNase-seq分析库
项目描述
简介
pyDNase是一套用于分析DNase-seq数据的工具 - pyDNase包含几个分析脚本，涵盖了DNase-seq分析的几个常见用例，还实现了Wellington、Wellington 1D和Wellington-boostrap footprinting算法。
API
目前许多分析DNase-seq数据的人正在使用为ChIP-seq工作设计的工具，但这些工具可能不适合DNase-seq数据，在DNase-seq数据中，人们不太关注测序片段的重叠，而是关注切割发生的位置（对齐序列片段的5'最末端）。
pyDNase有一个底层API，可以与DNase-seq实验中的排序和索引BAM文件接口，允许从任何基因组位置高效且容易地随机访问DNase-seq切割数据，例如。
>>> import pyDNase
>>> reads = pyDNase.BAMHandler(pyDNase.example_reads())
>>> reads["chr6,170863500,170863532,+"]
{'+': [0,0,0,1,0,0,1,1,2,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,1,1,0,0,0,1],
'-': [0,10,1,0,1,0,4,9,0,1,0,2,1,0,0,0,0,0,3,0,6,3,0,0,0,1,1,1,3,0,3,6]}
查询BAMHandler对象返回一个包含DNase切割计数的列表字典，这些列表在正参考链（+）和切割在负参考链（-）上。pyDNase高效地缓存查询的切割数据，因此来自同一基因组位置的多个请求不需要从BAM文件中重复查找（这可以禁用）。有关完整详情，请参阅完整文档。
安装
要安装pyDNase，请运行
$ pip install pyDNase
有关完整文档，请访问： http://pythonhosted.org/pyDNase/
支持
如果您遇到任何问题，请发送电子邮件至j.piper@me.com，我将尽力帮助您。如果您发现任何错误，请在github存储库中提出问题。如果您需要关于DNase-seq或ATAC-seq数据分析的更正式培训，我可以提供咨询服务。同样，如果您是寻求支持合同的商业实体，请与我联系。
贡献
我非常鼓励贡献！这是我第一个软件开发项目 - 请通过这种方式发送任何pull请求。我对任何人都编写的酷分析脚本特别感兴趣。
参考文献
许可证
版权（C）2015 Jason Piper。本作品受MIT许可协议的许可，有关详细信息，请参阅LICENCE.TXT。如果您需要使用不同许可证使用本软件，请通过电子邮件联系我：j.piper@me.com。
pyDNase-0.3.0.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | dba03cadca37929a1cc41545e962136f29efc41f8e3c6de042c51c47ee04d558 |
|
| MD5 | 0c91faebb3ea454a1f53d06d3442d9f5 |
|
| BLAKE2b-256 | c0f93210706f883579df6f52efa5c6ec33c66edb043f477ae508987dc4041f50 |