pycortex

Pycortex是一个软件库，允许您在皮质表面上可视化fMRI或其他体积神经影像数据。

安装

[!NOTE] Pycortex目前不能在Windows上安装，仅支持Linux和macOS。

要安装pycortex的稳定版本，请执行以下操作

# First, install some required dependencies (if not already installed)
pip install -U setuptools wheel numpy cython
# Install the latest release of pycortex from pip
pip install -U pycortex

如果您想安装pycortex的开发版本，您可以直接从Github安装。

为此，将上面的第二个安装行替换为以下内容

# Install development version of pycortex from github
pip install -U git+https://github.com/gallantlab/pycortex.git  --no-build-isolation

文档

Pycortex文档可在https://gallantlab.github.io/pycortex找到。

您可以在pycortex示例画廊中找到许多pycortex功能示例。

要本地构建文档

# Install required dependencies for the documentation
pip install sphinx_gallery numpydoc
# Move into the docs folder (assuming already in pycortex directory)
cd docs
# Build a local version of the documentation site
make html

运行上述命令后，您可以在网页浏览器中打开docs/_build/html/index.html以查看本地构建的文档。

演示

Pycortex最好与IPython一起使用。

如果您还没有IPython，可以通过运行以下命令来安装它

pip install ipython

要运行pycortex演示，使用IPython，运行

$ ipython
In [1]: import cortex
In [2]: cortex.webshow(cortex.Volume.random("S1", "fullhead"))

引用

如果您在发表的论文中使用pycortex，请引用pycortex论文

高JS，Huth AG，Lescroart MD，Gallant JL（2015）Pycortex：一种用于fMRI的交互式表面可视化器。Front. Neuroinform. 9:23. doi: 10.3389/fninf.2015.00023