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在标准Python 2.7解释器中使用UCSF Chimera Python API。

项目描述

Travis CI status AppVeyor status Documentation Status Citation DOI docs/img/pychimera.png

在任何Python 2.7解释器中使用UCSF Chimera包

docs/img/pychimera.gif

使用PyChimera,您可以…

  • 使用pychimera script.py从CLI运行依赖于chimera的脚本。

  • 在UCSF Chimera之外,包括IPython和Jupyter笔记本,启用import chimera的交互式编码会话。

  • 使用pychimera --gui启动标准UCSF Chimera实例,并导入所有您的condavirtualenv包。

希望它对您有用!欢迎提供反馈!

文档

更新的文档始终可在readthedocs找到。

致谢

主要基于chimera-users中的Greg Couch的想法。

引用

https://img.shields.io/badge/doi-10.1093%2Fbioinformatics%2Fbty021-blue.svg

PyChimera是科学软件,由公共研究资助(西班牙MINECO的项目CTQ2014-54071-P,加泰罗尼亚政府的项目2014SGR989和研究资助2017FI_B2_00168,COST行动CM1306)。如果您在科学出版物中使用PyChimera,请引用它。这将帮助我们衡量我们研究的影响并确保未来的资金!

@article{pychimera2018,
  author = {Rodríguez-Guerra Pedregal, Jaime and Maréchal, Jean-Didier},
  title = {PyChimera: use UCSF Chimera modules in any Python 2.7 project},
  journal = {Bioinformatics},
  volume = {34},
  number = {10},
  pages = {1784-1785},
  year = {2018},
  doi = {10.1093/bioinformatics/bty021},
  URL = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty021},
  eprint = {/oup/backfile/content_public/journal/bioinformatics/34/10/10.1093_bioinformatics_bty021/1/bty021.pdf}
}

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