bwtool库的Python包装器。
项目描述
Python包装器为bwtool库。请参阅bwtool维基中的安装过程说明和以下readme中的已知问题列表。
如何安装此软件包？
像往常一样，只需使用pip下载即可
pip install pybwtool测试覆盖率
由于一些处理覆盖率的软件有时会得到略有不同的结果，这里提供了三个
提取
extract方法返回一个包含从给定bigwig中提取的bed文件区域数据的pandas Dataframes元组。
from pybwtool import extract
results = extract(
bed_path="path/to/my/bed_file.bed",
bigwig_path="path/to/my/bigwig_file.bigwig"
)您也可以直接将提取结果运行到文件中，这在您必须运行一个非常大的bed文件时可能很有用。您只需指定一个目标文件。
from pybwtool import extract
extract(
bed_path="path/to/my/bed_file.bed",
bigwig_path="path/to/my/bigwig_file.bigwig",
target="target.bed"
)还可以通过添加gzip扩展名直接导出到压缩文件中，如下所示
from pybwtool import extract
extract(
bed_path="path/to/my/bed_file.bed",
bigwig_path="path/to/my/bigwig_file.bigwig",
target="target.bed.gz"
)让bwtool工作的一些常见修复方法
考虑查看Travis-CI配置。如果在那里工作，它也应该对您有效。
关闭
pybwtool-1.0.8.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8cf342e645f7809cb2a4415818c57e731d8a360e3e6caa389c2665fa928853a2 |
|
| MD5 | b51b930cd17ff0051e02c424052488ee |
|
| BLAKE2b-256 | 3da440686f9b7620eaf277a65884a16d90b70474df01742993cc8675ca6a2783 |