pybv -- BrainVision数据格式的轻量级I/O工具。
项目描述
pybv
pybv 是BrainVision数据格式的轻量级I/O工具。
BrainVision数据格式是推荐用于脑影像数据结构的数据格式。
文档可以在以下链接中找到：
关于BrainVision数据格式
BrainVision是一个用于存储电生理数据的文件格式的名称。最初，它由Brain Products公司提出，然而格式的简单性使得多种工具可以读取和写入此格式。
该格式由三个独立的文件组成
一个包含元数据的文本头部文件（.vhdr）
一个包含数据中事件信息的文本标记文件（.vmrk）
一个包含EEG电压值的二进制数据文件（.eeg）
这两个文本文件基于Microsoft Windows INI格式，由以下组成：
以[方括号]标记的节
以; comment标记的注释
以key=value标记的键值对
二进制.eeg数据文件按照Brain Products的规范，以小端格式写入，不包含字节顺序标记（BOM），确保数据文件无论在什么原生系统架构下都是统一写入的。
BrainVision文件格式的文档由Brain Products提供。您可以在Brain Products的网站上查看规范。
安装
pybv运行在Python 3.7或更高版本。
pybv的唯一依赖是numpy。然而，我们目前建议您安装MNE-Python以读取BrainVision数据。请参阅他们的安装说明。
在您拥有MNE-Python的可用安装（如果您不想读取数据只写入，则只安装numpy）之后，您可以通过以下方式安装pybv：
pip install --upgrade pybv
或者如果您使用conda
conda install --channel conda-forge pybv
贡献
pybv的开发正在GitHub上进行。
更多信息，请参阅CONTRIBUTING.md
用法
写入BrainVision文件
pybv提供的主要功能是通过write_brainvision函数将数据数组和提供的元数据写入磁盘上的BrainVision文件集合。
from pybv import write_brainvision
# for further parameters see our API documentation
write_brainvision(data=data, sfreq=sfreq, ch_names=ch_names,
fname_base=fname, folder_out=tmpdir,
events=events)读取BrainVision文件
目前，pybv建议使用MNE-Python来读取BrainVision文件。
以下是读取BrainVision数据的MNE-Python代码示例
import mne
# Import the BrainVision data into an MNE Raw object
raw = mne.io.read_raw_brainvision('tmp/test.vhdr', preload=True)
# Reconstruct the original events from our Raw object
events, event_ids = mne.events_from_annotations(raw)替代方案
BrainVision数据格式非常流行，因此有许多软件包可以读取此格式，或者写入它。以下表格旨在提供一个类似于pybv的软件包的快速概述。如果您知道应该在这里列出其他软件包，请告诉我们。
软件名称 |
语言 |
备注 |
|---|---|---|
杂项 |
读取和写入能力取决于使用的绑定，请参阅他们的概述 |
|
MATLAB |
读取和写入，在它们的 io 函数 中搜索 brainamp |
|
n/a，Windows 的 GUI |
读取和写入，由 Brain Products 提供，需要商业许可证 |
|
Julia |
读取 |
|
MATLAB / Octave |
通过 BVA-IO 读取和写入 |
|
MATLAB |
读取和写入，在它们的 fileio 函数 中搜索 brainvision |
|
Python |
读取（通过 pybv 写入） |
致谢
此软件包最初由 Philistine 软件包 的 palday 改编。它复制了 BrainVision 导出代码的大部分内容，但去除了对 MNE 的依赖。增加了几个功能，例如支持每个通道的独立单元。
下载文件
下载适合您平台文件的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于 安装包 的信息。
源代码分发
构建分发
pybv-0.7.5.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 57bb09305c1255b11dd5c6a75d0e6b3c81675cf0469d6a757b148ac332ac05d5 |
|
| MD5 | a79b4649fa2bc6fba9cf901958affc34 |
|
| BLAKE2b-256 | ba6dd6fa08d899f3c3082f60fe9e90cac943895acc703a40ced7a37026298d7f |
pybv-0.7.5-py2.py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 02b7a7b478d8b2cf722f523a557f7e8aa9a2280193e917a0aa5a545807c1aa7f |
|
| MD5 | a87b477f0969750ee3e6f2284ca4c2c4 |
|
| BLAKE2b-256 | ff0a533702d81e02f351b9dbc3679a48035c1a9de4aae48ef7f4b4e7e4102fed |
