pyautomagic

A Python3版本 của pipeline xử lý eeg của Automagic. Đang phát triển. Điều này là tạm thời.

Tham khảo

1. 论文： https://www.biorxiv.org/content/10.1101/460469v1
2. 论文： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31233907
3. Matlab github repo: https://github.com/methlabUZH/automagic

组织结构

├── LICENSE
├── Makefile           <- Makefile with commands like `make data` or `make train`
├── README.md          <- The top-level README for developers using this project.
├── data
│   ├── external       <- Data from third party sources.
│   ├── interim        <- Intermediate data that has been transformed.
│   ├── processed      <- The final, canonical data sets for modeling.
│   └── raw            <- The original, immutable data dump.
│
├── docs               <- A default Sphinx project; see sphinx-doc.org for details
│
├── notebooks          <- Jupyter notebooks. Naming convention is a number (for ordering),
│                         the creator's initials, and a short `-` delimited description, e.g.
│                         `1.0-jqp-initial-data-exploration`.
│
├── references         <- Data dictionaries, manuals, and all other explanatory materials.
│
├── reports            <- Generated analysis as HTML, PDF, LaTeX, etc.
│   └── figures        <- Generated graphics and figures to be used in reporting
│
├── requirements.txt   <- The requirements file for reproducing the analysis environment, e.g.
│                         generated with `pip freeze > requirements.txt`
│
├── setup.py           <- makes project pip installable (pip install -e .) so src can be imported
├── pyautomagic
|   ├── src            <- Src/ from automagic (matlab)
│   ├── __init__.py    <- Makes src a Python module
│   │
│   ├── base           <- Scripts that are configuration files, or other code used by the entire pyautomagic repo.
│   │
│   ├── gui             <- Scripts for the gui
│   │
│   ├── preprocessing   <- Scripts for running EEG preprocessing
│   │
│   └── visualization  <- Scripts to visualize results, etc.
│
└── tox.ini            <- tox file with settings for running tox; see tox.testrun.org

目标用户/使用

Người nghiên cứu xử lý dữ liệu EEG. Quy trình chính (mặc định) được tóm tắt trong

Hướng dẫn cài đặt

Để biết hướng dẫn cài đặt, hãy xem hướng dẫn cài đặt.

Cài đặt Jupyter Kernel để kiểm tra

Bạn cần cài đặt ipykernel để mở môi trường conda của bạn cho Jupyter notebooks.

conda install ipykernel
python -m ipykernel install --name pyautomagic --user
# now you can run jupyter lab and select a kernel
jupyter lab 

Kiểm tra và tài liệu

Để đóng góp, hãy xem hướng dẫn đóng góp.

Để chạy các kiểm tra, hãy xem hướng dẫn kiểm tra.