Pulsarpy DX

Pulsarpy客户端扩展，用于Pulsar LIMS，可导入来自DNAnexus的测序结果

AP文档在Read the Docs上。

这是一款与Pulsarpy配套的工具，而Pulsarpy是Pulsar LIMS的官方Python客户端。Pulsarpy DX是Pulsar LIMS和存储在DNAnexus上的相关测序结果之间的网关，其作用是将DNAnexus平台上的测序结果元数据导入到Pulsar LIMS。

该软件包的主要功能是名为import_seq_results.py的脚本，该脚本会查找过去N天内创建的指定DNAnexus计费组织下的项目。每个项目都会检查其测序结果是否需要导入到Pulsar LIMS。其工作方式非常具体，针对斯坦福大学Snyder生产中心ENCODE的实验室工作流程。

实验室工作流程

在Pulsar LIMS中创建一个测序请求记录。然后，填写一个Excel表格并发送到附近的斯坦福基因组测序服务中心（GSSC）。该表格包含库名，实验室人员将其设置为与Pulsar中的测序请求记录的名称相等。在GSSC上传测序结果到那里时，Excel表格中的此名称最终会以library_name属性的形式进入DNAnexus项目。

当运行 import_seq_results.py 脚本时，对于每个项目，它将检查 library_name 属性的值，然后使用该值在 Pulsar 中查找名为 SequencingRequest 的记录。为了导入测序结果，SequencingRequest 记录必须预先存在，这涉及到创建一个 SequeningRun 记录和一个或多个 SequencingResult 记录。有关更多详细信息，请参阅 脚本文档。