脉冲星应用 0.15.6

配置Galaxy

Galaxy作业运行器在Galaxy的job_conf.xml文件中进行配置。一些配置示例可以在这里找到，但请务必检查您Galaxy代码库中的job_conf.xml.sample_advanced或Github上的完整信息。

快速入门

有关安装Pulsar的不同方法的详细信息可以在文档的安装部分中找到，但如果您的机器有适当的Python依赖项，可以快速下载并使用以下命令运行测试作业

$ mkdir pulsar
$ cd pulsar
$ python3 -m venv venv
$ . venv/bin/activate    # venv\Scripts\activate.bat on Windows
$ pip install 'pulsar-app[web]'
$ pulsar-config
$ pulsar --daemon        # just `pulsar` on Windows
$ pulsar-check           # runs a test job

请注意，从0.14.0版本开始，Pulsar不再支持任何Python 2版本。最低支持的Python版本是3.5。

配置文档中有许多关于保护您的Pulsar服务器以及启用集群集成和消息队列通信等高级功能的详细信息。

开发和测试

在Linux或macOS上设置Pulsar开发环境的推荐方法大致如下

$ git clone https://github.com/galaxyproject/pulsar
$ cd pulsar
$ python3 -m venv .venv
$ . .venv/bin/activate    # .venv\Scripts\activate on Windows
$ pip install -e '.[web]'
$ pip install -r dev-requirements.txt

-e标志为pip安装Pulsar在“可编辑”模式下，这意味着您对源代码所做的更改将在运行虚拟环境中安装的pulsar命令时反映出来。

该项目附带单元和集成测试（其中许多在Windows下无法运行），以下命令将安装运行这些测试所需的Python组件。然后以下命令将运行这些测试

$ make tests

以下命令将生成与该测试相对应的覆盖率报告，并将其放置在本项目的coverage_html_report子目录中。

$ coverage html

请参阅贡献文档，以获取更多有关开发和贡献Pulsar的详细信息。

请注意，该项目以贡献者行为准则发布。通过参与此项目，您同意遵守其条款。

支持

本文档是一个正在进行的未完成作品。有更多配置和使用Pulsar的方法，比文档中记录的要多，还有越来越多的Pulsar专家愿意回答您的问题并帮助您解决在设置Pulsar部署过程中可能遇到的问题。请随时通过Galaxy管理员Gitter频道联系。

0.15.6 (2024-01-15)

• 允许将tus上传到Galaxy。拉取请求351

0.15.5 (2023-09-15)

• 添加catchall OSError到可恢复异常（感谢@mvdbeek）。拉取请求338

0.15.4 (2023-08-29)

• 添加 .readthedocs.yaml（感谢@natefoo）。拉取请求332

• 增加显式TimeoutError异常捕获（感谢 @mvdbeek）。Pull Request 337

• 更新galaxy-job-metrics需求（感谢 @cat-bro）。Pull Request 334

0.15.3 (2023-07-20)

• 修复在ConnectionResetError后Pulsar消费者状态的问题。Pull Request 331

• 用户认证插件（感谢 @SergeyYakubov）。Pull Request 321

0.15.2 (2023-05-02)

• 修复Pulsar和Pulsar客户端重新连接到AMQP服务器的问题。Pull Request 324

• 减少超时异常捕获的冗余信息。Pull Request 325

0.15.1 (2023-04-13)

• 没有变化，正在绕过pypi问题。

0.15.0 (2023-04-13)

• 更新Galaxy+Pulsar容器。Pull Request 306

• 重构容器执行 - 将Kubernetes执行泛化以使其在没有消息队列的情况下工作，并允许基于pydantic-tes（https://github.com/jmchilton/pydantic-tes）的TES执行。Pull Request 302

• 为容器执行场景添加文档和图表。Pull Request 302

• 重构集成测试以更积极地使用pytest。

• 修复CI，以运行更多未执行的测试，因为这些测试因为Tox没有将环境变量传递给pytest而未执行。

• 添加amqp_key_prefix选项以直接指定任务队列命名，同时保留容器调度部署中的简单默认管理器名称等。Pull Request 315

• 各种类型和CI修复。Pull Request 312，Pull Request 319

• 修复处理extra_file的问题。Pull Request 318

• 分别处理tool_stdio和job_stdio。Pull Request 318

• 从Galaxy重新导入MEMORY_STATEMENT.sh。Pull Request 297

• 添加对Sentry日志记录的支持。Pull Request 322

0.14.16 (2022-10-04)

• 修复与客户端操作映射构建URL相关的微小回归问题。

0.14.15 (2022-10-03)

• 修复0.14.14中的微小回归错误 - 更新runner util代码的交换比看起来更大。

0.14.14 (2022-10-30)

• 引入更新的Galaxy runner util代码。Pull Request 303

• 修复在启动/恢复时作业目录不存在的情况下的“丢失”作业（感谢 @natefoo）。Pull Request 301

• 使用urlencode对路径进行编码（感谢 @mvdbeek）。Pull Request 299

• 支持Galaxy Kubernetes runner中的k8s_job_ttl_secs_after_finished选项（感谢 @natefoo）。Pull Request 287

0.14.13 (2021-12-06)

• 不要将所有环境变量传递给由Manager启动的作业（感谢 @nsoranzo）。Pull Request 295

• 删除Galaxy框架测试中的旧版作业配置，针对metadata_strategy: extended进行测试（感谢 @mvdbeek）。Pull Request 294

0.14.12 (2021-11-10)

• 对将HOME和临时目录处理与Galaxy原生运行器更接近的修复。

• 启用远程元数据的globbed from_work_dir输出。

0.14.11 (2021-07-19)

• 修复和测试在特定情况下处理returncode。 Pull Request 274

• 更新tox。 Pull Request 271

0.14.10 (2021-07-17)

• 如果缺少注解的galaxy.json，则不要出错。 Pull Request 270

0.14.9 (2021-07-16)

• 实现动态文件源抽象，用于从galaxy.json文件解析文件传输。 Pull Request 269

• 仅使用工具类来测试远程Galaxy工具。 Pull Request 266

• 针对Galaxy的dev和master分支运行Galaxy框架测试（感谢@mvdbeek）。 Pull Request 264

0.14.8 (2021-07-14)

• 修复Galaxy复合输入引用。 Pull Request 262

• 针对此存储库的pulsar运行galaxy的工具框架测试（感谢@mvdbeek）。 Pull Request 259

0.14.7 (2021-07-13)

• 接受从Galaxy传输工具文件的描述。 Pull Request 261

• 支持在from_work_dir输出中使用glob（感谢@natefoo）。 Pull Request 257

• 修复加载Galaxy依赖关系解析器配置，以及额外的配置目录修复（感谢@natefoo）。 Pull Request 256

0.14.6 (2021-05-24)

• 修复新Galaxy工具配置文件具有独立主目录的问题。

0.14.5 (2021-04-15)

• 通过作业目标参数设置文件操作的潜在修复。

0.14.4 (2021-04-14)

• 重新尝试发布过程 - 发布了错误的分支0.14.3。

0.14.3 (2021-04-13)

• 当使用Galaxy的扩展元数据时，允许从Pulsar传输更少的文件。

0.14.2 (2021-02-15)

• 修复使用coexecution pods的requests、limits和walltime的使用。 Pull Request 246

0.14.1 (2021-02-02)

• 修复使用coexecution pods的命名管理器的使用。 Pull Request 242

0.14.0 (2020-09-17)

• 修复PyYAML“load()弃用”警告（感谢@gmauro）。 Pull Request 232

• 将DRMAA workingDirectory设置为作业的工作目录 Pull Request 230

• 修复一个unicode问题并稍微润色了一些变量（感谢@gmauro）。 Pull Request 229

• 响应对MQ消息请求状态更新的请求。 Pull Request 228

• 修复使用标准传输时Py3破坏的REST连接 Issue 227 Pull Request 231

• 在标准传输中停止支持Python 2.7，停止Python 2.7测试并修复Python 3.7 wheel安装测试，通用测试调试增强。 Pull Request 231

• 停止支持python 2.6并添加3.7，更新测试基础设施到更近的Ubuntu配置（感谢@bgruening）。 Pull Request 226

• 在Python 3.9兼容性方面使用is_alive而不是isAlive（感谢@tirkarthi）。 Issue 224 Pull Request 225

• 当使用Kubernetes时，请求和注册Galaxy IT的端口。 Pull Request 223

• 实现k8s作业的终止。 Pull Request 221

• 响应对MQ消息请求状态更新的请求。 Pull Request 228

• 停止支持python 2.6并添加3.7，更新测试基础设施到更近的Ubuntu配置（感谢@bgruening）。 Pull Request 226

• 在解析外部ID时添加更详细的错误信息（感谢 @gmauro）。Pull Request 213

• 使用requests（感谢 @mvdbeek）。Pull Request 216

• 为了Python 3.9兼容性，使用is_alive代替isAlive（感谢 @tirkarthi）。Pull Request 225

• 调试AMQP的连接字符串。Pull Request 217

• 各种小型的Kubernetes修复和增强。Pull Request 218，Pull Request 219

• 改进和修复容器处理。Pull Request 202

• 感谢@erasche修复异常日志中的错误。Pull Request 203

• 通过删除可能不再受支持的旧Pulsar服务器的分支来稍微清理配置文件处理。Pull Request 201

0.13.1 (2020-09-16)

• 锁定所有列出的需求。这是支持Python 2的Pulsar的最终版本。

0.13.0 (2019-06-25)

• 对Kubernetes作业执行进行各种改进和简化。

0.12.1 (2019-06-03)

• 重试未包含所有相关提交的失败的发布。

0.12.0 (2019-06-03)

• 修改Python Galaxy依赖项以使用新的Galaxy分解风格。由于galaxy-lib不能在Pulsar环境中安装，因此您可能需要为这次发布重新构建Pulsar虚拟env。Pull Request 187

• 为Pulsar添加带有CVMFS的Dockerfile（感谢 @nuwang 和 @afgane）。Pull Request 166

• 对Kubernetes pod执行环境进行各种小改进。Pull Request 190

• 改进readme代码审查。Pull Request 186

• 更新Condor示例文档（感谢 @bgruening）。Pull Request 189

0.11.0 (2019-05-16)

• 在客户端实现Galaxy元数据输入文件的阶段。39de377

• 在示例中修复‘amqp_ack_republish_time’（感谢 @dannon）。Pull Request 185

• 在job_conf_sample_mq_rsync.xml中更新amqp_url（感谢 @AndreasSko）。Pull Request 184

• 使用通配符字符指定Pulsar版本（感谢 @VJalili）。Pull Request 181

• 重构以实现更结构化的输入。f477bc4

• 重构以传递对象存储的标识信息。Pull Request 180

• 重新设计导入以适应新的Galaxy库结构。da086c9

• 撤销空输入测试，它很可能导致无法传输不存在的文件。8bd5511

• 改进客户端映射器的文档。b6278b4

0.10.0 (2019-05-06)

• 实现对Kubernetes两个容器pod作业的支持 - 阶段和工具执行作为同一作业pod中的单独容器。Pull Request 176，Pull Request 178

0.9.1 (2019-05-01)

• 修复在阶段Galaxy文件时重复输入的问题。Pull Request 175

• 修复过时的assertEquals()（感谢 @nsoranzo）。Pull Request 173

• 修复方法缺失的问题。Pull Request 174

• 同步“最近”的银河运行者工具的变更。Pull Request 177

0.9.0 (2019-04-12)

• 添加配置参数以限制从磁盘读取的流大小。Pull Request 157

• 传递失败和丢失作业的完整作业状态。Pull Request 159

• 改进在作业设置/预置过程中出现问题时消息处理。Pull Request 160

• 重构预处理作业状态以提高重启能力和减少作业丢失。**应在没有作业运行时应用此更改。**Pull Request 164

• 添加通过环境变量覆盖配置的支持（感谢 @nuwang）。Pull Request 165

• 文档更新（感谢 @afgane）。Pull Request 170

• 在 Pulsar 客户端中修复 Python 3 问题（感谢 @mvdbeek）。Pull Request 172

0.8.3 (2018-02-08)

• 创建通用 wheels，以便在从 PyPI 安装时启用 Python 3 支持（感谢 @nsoranzo）。Pull Request 156

0.8.1 (2018-02-08)

• 更新标志图像的链接。Pull Request 145

• 小的错误和日志消息错别字（感谢 @blankenberg）。Pull Request 146，Pull Request 153

• 修复捕获引号工具文件的修复/改进。Pull Request 148

• 修复配置示例解析，以便 run.sh 能直接运行。Pull Request 149

0.8.0 (2017-09-21)

• 支持 Galaxy 作业运行/脚本中的新功能，以便 Pulsar 尊重 $GALAXY_VIRTUAL_ENV 和 $PRESERVE_GALAXY_ENVIRONMENT。修复在工具环境更改 python 在 $PATH 上的远程元数据。 Pull Request 137

• 在远程执行之前预先创建 Galaxy 工具输出（修复了在阶段输出中缺少输出文件的错误）。Pull Request 141

• 支持远程传输文件操作，无需设置 jobs_directory 目标参数 Pull Request 136

• 修复作业管理器文档中的无效字符（感谢 @mapa17）。Pull Request 130

• 修复 conda_auto_* 选项解析并包含一个示例 dependency_resolvers_conf.xml（感谢 @mapa17）。Pull Request 132

• 修复 tox/Travis 测试。Pull Request 138，Pull Request 139，Pull Request 140

• 修复 AMQP 确认中的错误。Pull Request 143

0.7.4 (2017-02-07)

• 修复 Conda 解析并添加测试用例。11ce744

• 为更新的 flake8 库进行样式修复。93ab8a1，3573341

• 删除未使用的脚本。929bffa

• 修复 README。629fdea

0.7.3 (2016-10-31)

• 修复以真实用户提交作业时出现的“AttributeError”。Pull Request 124，问题 123

0.7.2 (2016-08-31)

• 修复在预处理错误条件下导致循环的bug。

0.7.1 (2016-08-29)

• 发布版本以规避 Galaxy 中的工具版本逻辑错误（发布版Galaxy版本认为 0.7.0 < 0.7.0.dev3）。

0.7.0 (2016-08-26)

• 更新Makefile以允许将Pulsar作为应用和库同时发布到Galaxy。

• 对TravisCI更改的小更新测试脚本。

• 嵌入式Galaxy运行器改进。（待办：完善此内容）

• 移除对Python 2.6的支持。60bf962

• 更新文档以描述项目治理和重用Galaxy的行为准则。7e23d43，dc47140

• 从Galaxy更新SLURM的集群槽位检测。cadfc5a

• 各种更改以允许在Galaxy中作为库使用。ce9d4f9

• 各种更改以允许在Galaxy中嵌入Pulsar管理器。ce9d4f9，d262323，8f7c04a

• 根据Galaxy 16.04的要求，引入一个单独的工作和元数据目录，该目录需要这种分离。6f4328e

• 改进日志和注释。38953f3，a985107，ad33cb9

• 为Python 2.7单元测试添加Tox目标。d7c524e

• 为setup.py develop添加Makefile命令。fd82d00

0.6.1 (2015-12-23)

• 微调发布流程，导致0.6.0的PyPI描述页面不正确。

0.6.0 (2015-12-23)

• Pulsar现在依赖于新的galaxy-lib Python包，而不是手动同步Pulsar和Galaxy之间的Python文件。

• 许多构建和测试改进。

• 修复了代码中的文档错误（感谢@erasche）。e8814ae

• 从Pulsar客户端中删除galaxy.eggs内容（感谢@natefoo）。00197f2

• 在README中添加新标志（感谢@martenson）。abbba40

• 在消息队列系统之上实现可选的致谢系统（感谢@natefoo）。Pull Request 82 431088c

• 感谢@remimarenco对文档的修复。Pull Request 78，Pull Request 80

• 修复了这一周期中引入的项目脚本错误（感谢@nsoranzo）。140a069

• 修复Windows上的config.py（感谢@ssorgatem）。Pull Request 84

• 添加XSEDE作业的工作管理器（感谢@natefoo）。1017bc5

• 修复pip依赖安装（感谢@afgane）。Pull Request 73

0.5.0 (2015-05-08)

• 允许cURL下载器在预发布期间恢复传输（感谢@natefoo）。0c61bd9

• 修复cURL下载器状态代码处理。86f95ce

• 修复从PyPI的非wheel安装。Issue 72

• 修复mesos导入以适应mesos的新版本（感谢@kellrott）。fe3e919

• 更多、更好的日志记录。2b3942d，fa2b6dc

0.4.0 (2015-04-20)

• 支持Python 3。Pull Request 62

• 修复运行pulsar-main和pulsar-config命令作为脚本时遇到的bug。9d43ae0

• 添加针对Pulsar服务器的issue命令的脚本（实验性）。3cc7f74

0.3.0 (2015-04-12)

• 将项目名称更改为Pulsar，迁移到GitHub。

• 新增RESTful网络服务接口。

• E. Rasche添加了SCP和Rsync文件暂存选项。Pull Request

• 支持基于YAML的配置。

• 支持更传统的pip/setup.py风格的安装。

• 数十个较小的错误修复和文档更新。

0.2.0

• 上一个版本名为LWR - 可在BitBucket上找到。

• 截至15.03版本，Galaxy仍然支持。

• 引入了对提交到各种队列系统的支持，作为Mesos框架运行，Docker支持，以及其他各种高级部署选项。

• 消息队列支持。

• 引入了可配置文件操作的框架。

0.1.0

• 支持运行由Python LWR网络进程管理的作业。

• https://bitbucket.org/jmchilton/lwr/branch/0.1

0.0.1

• 参见原始公告和初始提交。