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处理预计算大型PubMed嵌入的工具。

项目描述

Pypi project Pypi total project downloads Paper

自动构建PubMed嵌入。

安装包

像往常一样,只需从Pypi安装

pip install pubmed_embedding

用法示例

您可以通过以下方式检索感兴趣PubMed ID的嵌入

BERT

from pubmed_embedding import get_pubmed_embedding_from_curies

pubmed_ids = ["PMID:24774509", "PMID:15170967", "PMID:7850793"]

bert_features = get_pubmed_embedding_from_curies(
    curies=pubmed_ids,
    version="pubmed_bert_30_11_2022"
)

结果是

BERT

SciBERT

scibert_features = get_pubmed_embedding_from_curies(
    curies=pubmed_ids,
    version="pubmed_scibert_30_11_2022"
)

结果是

SciBERT

Specter

spected_features = get_pubmed_embedding_from_curies(
    curies=pubmed_ids,
    version="pubmed_specter_30_11_2022"
)

结果是

Specter

引用这项工作

如果您发现这些数据集有用,请引用

@software{cappellettiPubMed2022,
    author = {Cappelletti, Luca and Fontana, Tommaso and Reese, Justin},
    month = {12},
    title = {{BM25-weighted BERT-based embedding of PubMed}},
    url = {https://github.com/LucaCappelletti94/pubmed_embedding},
    version = {1.0.14},
    year = {2022}
}

项目详情


下载文件

下载适用于您的平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解有关 安装包 的更多信息。

源分布

pubmed_embedding-1.0.14.tar.gz (30.0 kB 查看哈希值)

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